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- PDB-2tgi: CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA2: AN UNUSUAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tgi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA2: AN UNUSUAL FOLD FOR THE SUPERFAMILY
要素TRANSFORMING GROWTH FACTOR ,BETA 2
キーワードGROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of timing of catagen / positive regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / substantia propria of cornea development / ascending aorta morphogenesis / cardioblast differentiation / uterine wall breakdown / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation ...regulation of timing of catagen / positive regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / substantia propria of cornea development / ascending aorta morphogenesis / cardioblast differentiation / uterine wall breakdown / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta2 production / atrial septum morphogenesis / pharyngeal arch artery morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / positive regulation of heart contraction / glial cell migration / activation-induced cell death of T cells / secondary palate development / positive regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of integrin biosynthetic process / somatic stem cell division / endocardial cushion fusion / atrial septum primum morphogenesis / membranous septum morphogenesis / negative regulation of cartilage development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / heart valve morphogenesis / signaling / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / pericyte cell differentiation / neuron fate commitment / embryonic digestive tract development / type II transforming growth factor beta receptor binding / eye development / neural retina development / transforming growth factor beta receptor binding / pulmonary valve morphogenesis / cranial skeletal system development / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / outflow tract septum morphogenesis / embryo development ending in birth or egg hatching / cell-cell junction organization / collagen fibril organization / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / atrioventricular valve morphogenesis / face morphogenesis / odontogenesis / Molecules associated with elastic fibres / endocardial cushion morphogenesis / hair follicle morphogenesis / cartilage condensation / ventricular septum morphogenesis / generation of neurons / positive regulation of Notch signaling pathway / dopamine biosynthetic process / uterus development / inner ear development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / hemopoiesis / positive regulation of cell division / positive regulation of SMAD protein signal transduction / positive regulation of epithelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / hair follicle development / ECM proteoglycans / cardiac muscle cell proliferation / blood vessel remodeling / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / neuron development / salivary gland morphogenesis / heart morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cell cycle / epithelial cell differentiation / response to progesterone / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / negative regulation of angiogenesis / cytokine activity / axon guidance / positive regulation of protein secretion / regulation of actin cytoskeleton organization / growth factor activity / skeletal system development / kidney development / neural tube closure / wound healing / negative regulation of cell growth / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-2 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines ...Transforming growth factor beta-2 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-2 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Daopin, S. / Davies, D.R.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Crystal structure of transforming growth factor-beta 2: an unusual fold for the superfamily.
著者: Daopin, S. / Piez, K.A. / Ogawa, Y. / Davies, D.R.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of Tgf-Beta2 Refined at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Daopin, S. / Li, M. / Davies, D.R.
履歴
登録1993年10月20日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR ,BETA 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7331
ポリマ－12,7331
非ポリマー00
水1,04558
1
A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR ,BETA 2

A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR ,BETA 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4652
ポリマ－25,4652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+5/31
Buried area2520 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.600, 60.600, 75.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 36 IS A CIS PROLINE.
2: RESIDUES 92 - 96 ARE ILL-DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY. MAP.

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要素

#1: タンパク質 TRANSFORMING GROWTH FACTOR ,BETA 2


分子量: 12732.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61812
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mMacetate1drop
220 %PEG2001reservoir
350 mMsodium acetate1reservoir
430-50 mMunbuffered sodium acetate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 9706 / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 54248 / Rmerge(I) obs: 0.047

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→8 Å / Rfactor obs: 0.173
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 0 0 58 948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.28
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor obs: 0.172 / Rfactor Rwork: 0.172
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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