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- PDB-2stw: SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN ETS1/DNA COMPLEX, RESTRAINED ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2stw
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN ETS1/DNA COMPLEX, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*A)-3')
  • ETS1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / PROTO-ONCOGENE (がん遺伝子) / DNA-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


PML body organization / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / negative regulation of cell cycle / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / transcription corepressor binding / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / 運動性 ...PML body organization / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / negative regulation of cell cycle / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / transcription corepressor binding / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / 運動性 / Oncogene Induced Senescence / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 免疫応答 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / response to antibiotic / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / ETS family ...Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Protein C-ets-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Clore, G.M. / Werner, M.H. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1997
タイトル: Correction of the NMR structure of the ETS1/DNA complex.
著者: Werner, M.H. / Clore, G.M. / Fisher, C.L. / Fisher, R.J. / Trinh, L. / Shiloach, J. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録1996年8月5日処理サイト: BNL
置き換え1997年3月12日ID: 1STW
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*A)-3')
A: ETS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6723
ポリマ－21,6723
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -REGULARIZED MEAN STRUCTURE
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*A)-3')


分子量: 5252.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*A)-3')


分子量: 5163.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 ETS1 /


分子量: 11255.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14921

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 6.80 / 温度: 305.00 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX500BrukerAMX5005001
Bruker AMX600BrukerAMX6006002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称分類
XPLOR構造決定
XPLOR精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE IS PRESENTED IN ENTRY 2STW AND 25 STRUCTURES ARE PRESENTED IN ENTRY 2STT. IN 2STW THE LAST COLUMN REPRESENTS THE RMS OF THE 25 INDIVIDUAL SIMULATED ...詳細: THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE IS PRESENTED IN ENTRY 2STW AND 25 STRUCTURES ARE PRESENTED IN ENTRY 2STT. IN 2STW THE LAST COLUMN REPRESENTS THE RMS OF THE 25 INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES ABOUT THE MEAN COORDINATE POSITIONS. THE LAST COLUMN IN THE INDIVIDUAL SA STRUCTURES HAS NO MEANING. BEST FITTING TO GENERATE THE AVERAGE STRUCTURE IS WITH RESPECT TO RESIDUES 24 - 105 OF THE PROTEIN AND BASE PAIRS 1 - 17 OF THE DNA (RESIDUES 10 - 24 ARE DISORDERED IN SOLUTION). RESIDUE 10 CORRESPONDS TO RESIDUE 320 OF THE NATURAL SEQUENCE. NOTE THE OCCUPANCY FIELD HAS NO MEANING.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: REGULARIZED MEAN STRUCTURE
登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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