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- PDB-2sic: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF SUBTILISIN BPN' AND S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2sic
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF SUBTILISIN BPN' AND STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR (SSI)
  • SUBTILISIN BPN'
キーワードCOMPLEX (PROTEINASE/INHIBITOR) / COMPLEX (PROTEINASE-INHIBITOR) / COMPLEX (PROTEINASE-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / fibrinolysis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor, conserved site / Streptomyces subtilisin-type inhibitors signature. / Subtilisin Inhibitor / Subtilisin inhibitor-like / Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor / Subtilisin inhibitor / Subtilisin inhibitor-like superfamily / Subtilisin inhibitor-like / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain ...Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor, conserved site / Streptomyces subtilisin-type inhibitors signature. / Subtilisin Inhibitor / Subtilisin inhibitor-like / Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor / Subtilisin inhibitor / Subtilisin inhibitor-like superfamily / Subtilisin inhibitor-like / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subtilisin BPN' / Subtilisin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mitsui, Y. / Takeuchi, Y. / Hirono, S. / Akagawa, H. / Nakamura, K.T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined crystal structure of the complex of subtilisin BPN' and Streptomyces subtilisin inhibitor at 1.8 A resolution.
著者: Takeuchi, Y. / Satow, Y. / Nakamura, K.T. / Mitsui, Y.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Crystal Structure at 2.6 Angstroms Resolution of the Complex of Subtilisin with Bpn' with Streptomyces Subtilisin Inhibitor
著者: Hirono, S. / Akagawa, H. / Mitsui, Y. / Iitaka, Y.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure of the Complex of Subtilisin Bpn' with its Protein Inhibitor Streptomyces Subtilisin Inhibitor
著者: Hirono, S. / Nakamura, K.T. / Iitaka, Y. / Mitsui, Y.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1979
タイトル: Crystal Structures of Streptomyces Subtilisin Inhibitor and its Complex with Subtilisin Bpn'
著者: Mitsui, Y. / Satow, Y. / Watanabe, Y. / Hirono, S. / Iitaka, Y.
履歴
登録1991年4月1日処理サイト: BNL
置き換え1993年4月15日ID: 1SIC
改定 1.01993年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: SUBTILISIN BPN'
I: STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR (SSI)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5734
ポリマ－38,4932
非ポリマー802
水4,648258
1
E: SUBTILISIN BPN'
I: STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR (SSI)
ヘテロ分子

E: SUBTILISIN BPN'
I: STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR (SSI)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1468
ポリマ－76,9864
非ポリマー1604
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-37.2 kcal/mol
Surface area26730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.230, 185.900, 69.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: RESIDUES PRO E 168 AND PRO I 37 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 SUBTILISIN BPN'


分子量: 27552.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
参照: UniProt: P00782, 3.4.21.14
#2: タンパク質 STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR (SSI)


分子量: 10940.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P01006
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.02 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: unknown
詳細: used seeding, Hirono, S., (1979) J.Mol.Biol., 131, 855.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1BPN1150mg
2SSI1117.5mg
30.05 MTris-HCl11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 28118 / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 97766 / Rmerge(I) obs: 0.0472

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→6 Å /
Rfactor反射数
obs0.177 26760
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2702 0 2 258 2962
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.017
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0340.027
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0430.037
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.110.1
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.82.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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