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- PDB-2sh1: SOLUTION STRUCTURE OF NEUROTOXIN I FROM THE SEA ANEMONE STICHODAC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2sh1
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF NEUROTOXIN I FROM THE SEA ANEMONE STICHODACTYLA HELIANTHUS. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, DISTANCE GEOMETRY AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS STUDY
要素NEUROTOXIN I
キーワードNEUROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nematocyst / regulation of signal transduction / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sea anemone toxin / Anenome neurotoxin / Anthopleurin-A / Myotoxin/Anemone neurotoxin domain superfamily / Anthopleurin-A / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Delta-stichotoxin-She1a
類似検索 - 構成要素
生物種Stichodactyla helianthus (イソギンチャク)
手法溶液NMR
データ登録者Fogh, R.H. / Norton, R.S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Solution structure of neurotoxin I from the sea anemone Stichodactyla helianthus. A nuclear magnetic resonance, distance geometry, and restrained molecular dynamics study.
著者: Fogh, R.H. / Kem, W.R. / Norton, R.S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Sequence-Specific 1H NMR Assignments and Secondary Structure in the Sea Anemone Polypeptide Stichodactyla Helianthus Neurotoxin I
著者: Fogh, R.H. / Mabbutt, B.C. / Kem, W.R. / Norton, R.S.
履歴
登録1990年5月3日処理サイト: BNL
改定 1.01991年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROTOXIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1501
ポリマ－5,1501
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Atom site foot note1: THE POSITIONS OF ALL ATOMS IN THE LOOP BETWEEN ASP 7 CA AND PRO 16 CA, AS WELL AS IN LYS 48, ARE ESSENTIALLY UNCONSTRAINED BY THE INPUT DATA AND SHOULD BE REGARDED AS UNDEFINED.
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド NEUROTOXIN I


分子量: 5149.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stichodactyla helianthus (イソギンチャク)
参照: UniProt: P19651
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMR software
名称開発者分類
DISMANBRAUN,GO精密化
DISGEOHAVEL,WUTHRICH精密化
GROMOS-87VAN GUNSTEREN,BERENDSEN精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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