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- PDB-2sgp: PRO 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2sgp
タイトルPRO 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B AT PH 6.5
要素
  • OVOMUCOID INHIBITOR
  • PROTEINASE B
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) / SERINE PROTEINASE / PROTEIN INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


streptogrisin B / molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain ...Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Streptogrisin-B / Ovomucoid
類似検索 - 構成要素
生物種Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Huang, K. / Lu, W. / Anderson, S. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Contribution of peptide bonds to inhibitor-protease binding: crystal structures of the turkey ovomucoid third domain backbone variants OMTKY3-Pro18I and OMTKY3-psi[COO]-Leu18I in ...タイトル: Contribution of peptide bonds to inhibitor-protease binding: crystal structures of the turkey ovomucoid third domain backbone variants OMTKY3-Pro18I and OMTKY3-psi[COO]-Leu18I in complex with Streptomyces griseus proteinase B (SGPB) and the structure of the free inhibitor, OMTKY-3-psi[CH2NH2+]-Asp19I
著者: Bateman, K.S. / Huang, K. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Water molecules participate in proteinase-inhibitor interactions: crystal structures of Leu18, Ala18, and Gly18 variants of turkey ovomucoid inhibitor third domain complexed with ...タイトル: Water molecules participate in proteinase-inhibitor interactions: crystal structures of Leu18, Ala18, and Gly18 variants of turkey ovomucoid inhibitor third domain complexed with Streptomyces griseus proteinase B.
著者: Huang, K. / Lu, W. / Anderson, S. / Laskowski, M. / James, M.N.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983
タイトル: Structure of the Complex of Streptomyces griseus Protease B and the Third Domain of the Turkey Ovomucoid Inhibitor at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Read, R.J. / Fujinaga, M. / Sielecki, A.R. / James, M.N.G.
履歴
登録1999年3月25日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月8日Group: Database references
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conf / struct_conf_type
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: PROTEINASE B
I: OVOMUCOID INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3173
ポリマ－24,2222
非ポリマー951
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.540, 54.680, 45.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEINASE B / SGPB


分子量: 18653.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
株: K1 / 参照: UniProt: P00777, streptogrisin B
#2: タンパク質 OVOMUCOID INHIBITOR / PRO18-OMTKY3


分子量: 5569.246 Da / 分子数: 1 / Fragment: THIRD DOMAIN / Mutation: DEL(1-5), L18P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
プラスミド: PEZZ318.TKY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68390
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.84 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER AT PH 6.5, pH 6.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used seeding / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
22.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 17285 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.3 % / Num. measured all: 39480 / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.94 Å / % possible obs: 83.4 % / Rmerge(I) obs: 0.173

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SGB

3sgb


解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.193 --
obs-17285 92 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1695 0 5 157 1857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.023
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.023

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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