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- PDB-2sas: STRUCTURE OF A SARCOPLASMIC CALCIUM-BINDING PROTEIN FROM AMPHIOXU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2sas
タイトルSTRUCTURE OF A SARCOPLASMIC CALCIUM-BINDING PROTEIN FROM AMPHIOXUS REFINED AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION
要素SARCOPLASMIC CALCIUM-BINDING PROTEIN
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Sarcoplasmic calcium-binding proteins II, V, VI, and VII
類似検索 - 構成要素
生物種Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cook, W.J. / Babu, Y.S. / Cox, J.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Structure of a sarcoplasmic calcium-binding protein from amphioxus refined at 2.4 A resolution.
著者: Cook, W.J. / Jeffrey, L.C. / Cox, J.A. / Vijay-Kumar, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Investigation of a Sarcoplasmic Calcium-Binding Protein from Amphioxus
著者: Cook, W.J. / Babu, Y.S. / Cox, J.A.
履歴
登録1993年7月30日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARCOPLASMIC CALCIUM-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4284
ポリマ－21,3081
非ポリマー1203
水181
1
A: SARCOPLASMIC CALCIUM-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子

A: SARCOPLASMIC CALCIUM-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8568
ポリマ－42,6162
非ポリマー2406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)59.600, 81.300, 82.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 SARCOPLASMIC CALCIUM-BINDING PROTEIN


分子量: 21307.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
参照: UniProt: P04570
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃ / pH: 8.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein 1drop
22.5 mM1dropCaCl2
354 %satammonium sulfate1drop
40.05 MTris-HCl1drop
554 %satammonium sulfate1reservoir
60.05 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 8157 / % possible obs: 98.7 % / Num. measured all: 45101 / Rmerge(I) obs: 0.0909

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→5 Å / Rfactor Rwork: 0.199 / Rfactor obs: 0.199 / σ(F): 2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1495 0 3 1 1499
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.0881
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.6831.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.8881.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.6772
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR/PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.045
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.062
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.014
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.153
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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