PDB-6v91: Crystal structure of Stringent starvation protein A (BTH_I2974) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v91

タイトル

Crystal structure of Stringent starvation protein A (BTH_I2974) from Burkholderia thailandensis

要素

Stringent starvation protein A

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / SSGCID / Stringent starvation protein A / BTH_I2974 / Burkholderia thailandensis / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

Stringent starvation protein A, N-terminal / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutaredoxin domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Stringent starvation protein A (BTH_I2974) from Burkholderia thailandensis
著者: Abendroth, J. / Davies, D.R. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v91.cif.gz	230.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v91.ent.gz	154.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6v91_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v91_full_validation.pdf.gz	470.4 KB	表示
XML形式データ	6v91_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	6v91_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/6v91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/6v91	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6su7-1 6l8z-d 5nlm-1 6l1k-d 6l8x-d 6su7-3 6vah-d 1yy7-d 3mxm-d 6su6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: ButhA.17888.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Stringent starvation protein A

B: Stringent starvation protein A

ヘテロ分子

50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.380, 95.640, 108.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Stringent starvation protein A 分子量: 24736.742 Da / 分子数: 2 / 断片: ButhA.17888.a.AE1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア) 株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: BTH_I2974 / プラスミド: ButhA.17888.a.AE1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q2SUC1
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: For native data collection: Anatrace Morpheus screen G7: 20mM of each Sodium formate, Ammonium acetate, Sodium citrate tribasic dihydrate, Sodium potassium tartrate tetrahydrate, Sodium ...詳細: For native data collection: Anatrace Morpheus screen G7: 20mM of each Sodium formate, Ammonium acetate, Sodium citrate tribasic dihydrate, Sodium potassium tartrate tetrahydrate, Sodium oxamate: 100mM Na-HEPES / MOPS acid pH 7.5: 40% (V/V) Glycerol, 20% (w/V) PEG 4000: ButhA.17888.a.AE1 (labled as CrpaA.01056.a.AE1.PW38685) at 30.5mg/ml: 311984 g7: cryo: direct: puck ocs5-5. For phasing, a crystal from the same tray, condition H9 (20mM of each L-Na-Glutamate, Alanine (racemic), Glycine, Lysine HCl (racemic), Serine (racemic): 100mM Tris base / Bicine pH 8.5: 40% (v/v) PEG 500 MME, 20% (w/V) PEG 20000) was incubated for 30sec in a mix of 90% reservoir and 10% 5M NaI in ethylene glycol and vitrified without further cryoprotection. 360deg of data were collected in-house at Cu-Ka radiation.Tray: 311984 h9, puck ocs5-14.

結晶

マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.6 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: For native data collection: Anatrace Morpheus screen G7: 20mM of each Sodium formate, Ammonium acetate, Sodium citrate tribasic dihydrate, Sodium potassium tartrate tetrahydrate, Sodium ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-F		1	0.97872
回転陽極			RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX-300	1	CCD	2019年11月21日
RIGAKU SATURN 944+	2	CCD	2019年11月22日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	C(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97872	1
2	1.5418	1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 50160 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.952 % / B_iso Wilson estimate: 40.249 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_rim(I) all: 0.051 / Χ²: 1.041 / Net I/σ(I): 19.65

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	6.006	0.52	3.58	3608	0.909	0.57	96.9
1.95-2	6.197	0.417	4.04	3533	0.936	0.455	100
2-2.06	6.161	0.311	5.44	3492	0.96	0.34	99.9
2.06-2.12	6.172	0.24	7.1	3384	0.972	0.262	99.9
2.12-2.19	6.121	0.188	8.86	3293	0.983	0.205	99.9
2.19-2.27	5.697	0.181	10.32	3140	0.981	0.2	98.1
2.27-2.36	6.078	0.125	13.01	3058	0.992	0.137	99.5
2.36-2.45	6.057	0.095	16.23	2972	0.995	0.104	99.8
2.45-2.56	5.976	0.078	19.55	2818	0.996	0.086	99.9
2.56-2.69	5.966	0.068	22.07	2725	0.997	0.074	99.8
2.69-2.83	5.92	0.059	25.36	2608	0.997	0.064	99.8
2.83-3	5.904	0.051	29.56	2466	0.998	0.056	99.7
3-3.21	5.837	0.046	32.41	2328	0.998	0.05	99.9
3.21-3.47	5.784	0.04	37	2164	0.998	0.043	99.9
3.47-3.8	5.745	0.037	39.19	2014	0.999	0.04	99.9
3.8-4.25	5.774	0.033	41.33	1822	0.999	0.036	100
4.25-4.91	5.784	0.03	42.89	1626	0.999	0.033	100
4.91-6.01	5.795	0.028	42.91	1402	0.999	0.03	100
6.01-8.5	5.661	0.026	42.92	1093	0.999	0.029	100
8.5-50	4.795	0.027	40.62	614	0.998	0.031	94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→33.92 Å / SU ML: 0.2194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.2223

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2149	2022	4.03 %	0
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.1756	50149	99.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3298	0	35	307	3640

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	3493
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.852	4740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0532	521
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	624
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.4957	1326

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.4909	127	0.4451	3338	X-RAY DIFFRACTION	96.65
1.95-2	0.2793	144	0.2364	3359	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.06	0.256	142	0.2013	3421	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.06-2.13	0.2442	140	0.1845	3400	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.13-2.2	0.2319	129	0.1836	3439	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.2-2.29	0.3453	140	0.265	3341	X-RAY DIFFRACTION	97.95
2.29-2.39	0.2284	146	0.1829	3438	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.39-2.52	0.2219	161	0.1726	3415	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.52-2.68	0.1868	133	0.1713	3420	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.68-2.88	0.2249	146	0.1785	3456	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.88-3.17	0.2108	173	0.1717	3435	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.17-3.63	0.2089	135	0.1568	3490	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.63-4.58	0.1659	140	0.1423	3536	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.58-33.92	0.2014	166	0.1591	3639	X-RAY DIFFRACTION	99.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.03540488101	0.458631930988	0.514579761017	4.48755121155	0.616531418726	4.63818881049	0.0978361502371	-0.304314623355	-0.102016112852	0.362508862398	-0.0190053807038	0.28849729321	0.340375990473	-0.284532867023	-0.0599432636567	0.220980710795	-0.00255364319136	0.0165617362298	0.22378983852	0.0359762531194	0.242531321479	23.8276959982	61.5629646436	15.6330756012
2	4.50756460522	-0.0279070269892	-0.283711822456	3.74371025846	2.33877357043	4.04081182692	0.0472354593506	-0.464151828729	-0.135887229577	0.178040112477	0.193909085064	-0.293263688689	0.209091109284	0.271693148392	-0.199004018609	0.327472031861	0.0378919146647	-0.0297179609952	0.291781316548	0.113393788433	0.261378269352	40.1330982209	64.2701891349	12.7740348218
3	3.49629954574	0.683820512564	0.550113192015	3.78552778963	2.86883378538	2.2332835463	0.0845718908271	-0.605511768579	0.196214959716	0.422289363471	0.170721273999	-0.383303120277	0.139375831133	0.660663685447	-0.278960281971	0.223482144592	-0.0197980462402	-0.0367999683856	0.342462949052	-0.053032488357	0.299055908594	45.2888582685	75.846109201	11.7174461763
4	4.71019366162	5.07696741306	-4.96368583193	8.92343464456	-5.8335701484	5.29225882404	-0.447596451927	0.735035418174	-0.195490738839	-0.423789013011	0.554154821736	-0.00482501537213	0.077827403328	-0.239477355706	-0.0306754349594	0.317987260946	-0.0182646113636	-0.00772368015647	0.336746912141	-0.019921750999	0.257065519027	34.5991497067	66.8054797336	-3.57506377602
5	4.51752102899	-0.279966724084	-1.03744464144	1.66989880566	0.0693425300826	2.49867444489	0.0474297124612	-0.130617658971	0.374277073868	-0.0174858625911	0.0487360253747	0.0543313424525	-0.149430927627	0.115144197781	-0.105507867467	0.212803189014	0.0137226033328	-0.00912949477526	0.181176335554	0.00102000531035	0.203914784659	32.5446694454	76.5467847656	7.1937119312
6	5.44569566499	-6.40544140319	1.98823568374	7.67106061007	-2.15372277802	2.74740198139	-0.91148448435	0.32358610332	1.40752171024	0.521437932021	0.871031443827	-1.14791424229	-1.77261560261	0.390864899157	-0.0895470109595	0.778210391914	-0.143923889792	-0.107435750089	0.635881782022	0.174821541791	1.16830047231	25.6676121392	84.4498494773	4.00725859549
7	4.36877492518	1.32414277985	-0.187770093213	5.16307218912	0.900648060043	0.946996232321	-0.298997839038	-0.111448425676	-0.651612886362	-0.79591258361	-0.209451012881	-1.43659926319	0.214450320141	0.610544067228	0.450579165103	0.476578349076	0.108063875602	0.230973284039	0.421875239136	0.254453754676	0.78769897071	51.011320097	42.3700025291	10.5326246326
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 84 through 113 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 114 through 140 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 141 through 150 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 151 through 201 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 202 through 211 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 23 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 24 through 44 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 45 through 73 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 74 through 83 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 84 through 100 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 101 through 115 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 116 through 139 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 140 through 150 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 151 through 171 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 172 through 185 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 186 through 202 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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