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万見
- PDB-2rvh: NMR structure of eIF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rvh
タイトルNMR structure of eIF1
要素Eukaryotic translation initiation factor eIF-1
キーワードTRANSLATION / translation initiation factor
機能・相同性
機能・相同性情報


multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / ribosomal small subunit binding / regulation of translational fidelity / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / maintenance of translational fidelity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
SUI1-like domain / Translation Initiation Factor Eif1 / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor eIF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Nagata, T. / Obayashi, E. / Asano, K.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Molecular Landscape of the Ribosome Pre-initiation Complex during mRNA Scanning: Structural Role for eIF3c and Its Control by eIF5
著者: Obayashi, E. / Luna, R.E. / Nagata, T. / Martin-Marcos, P. / Hiraishi, H. / Singh, C.R. / Erzberger, J.P. / Zhang, F. / Arthanari, H. / Morris, J. / Pellarin, R. / Moore, C. / Harmon, I. / ...著者: Obayashi, E. / Luna, R.E. / Nagata, T. / Martin-Marcos, P. / Hiraishi, H. / Singh, C.R. / Erzberger, J.P. / Zhang, F. / Arthanari, H. / Morris, J. / Pellarin, R. / Moore, C. / Harmon, I. / Papadopoulos, E. / Yoshida, H. / Nasr, M.L. / Unzai, S. / Thompson, B. / Aube, E. / Hustak, S. / Stengel, F. / Dagraca, E. / Ananbandam, A. / Gao, P. / Urano, T. / Hinnebusch, A.G. / Wagner, G. / Asano, K.
履歴
登録2015年10月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor eIF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3301
ポリマ－12,3301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor eIF-1 / Protein translation factor SUI1


分子量: 12330.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: SUI1, RFR1, YNL244C, N0905 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32911

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D C(CO)NH
1713D HBHA(CO)NH
1812D 1H-13C HSQC
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D (H)CCH-COSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity-1, 20 mM sodium phosphate-2, 150 mM sodium chloride-3, 1 mM DTT-4, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMentity-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
150 mMsodium chloride-31
1 mMDTT-41
試料状態イオン強度: 170 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
KUJIRA0.984Naohira Kobayashichemical shift assignment
KUJIRA0.984Naohira Kobayashipeak picking
KUJIRA0.984Naohira Kobayashiデータ解析
NMRViewJohnsonデータ解析
NMRViewJohnsonpeak picking
NMRViewJohnsoncollection
NMRDrawDelaglio解析
NMRPipeDelaglio解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1560 / NOE intraresidue total count: 463 / NOE long range total count: 442 / NOE medium range total count: 261 / NOE sequential total count: 394
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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