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万見
- PDB-2rug: Refined solution structure of the first RNA recognition motif dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rug
タイトルRefined solution structure of the first RNA recognition motif domain in CPEB3
要素Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RRM domain / RBD / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational elongation / CCR4-NOT complex / regulation of dendritic spine development / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / translation factor activity, RNA binding / apical dendrite / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of dendritic spine development ...negative regulation of cytoplasmic translational elongation / CCR4-NOT complex / regulation of dendritic spine development / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / translation factor activity, RNA binding / apical dendrite / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of dendritic spine development / long-term memory / negative regulation of cytoplasmic translation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / cellular response to amino acid stimulus / regulation of synaptic plasticity / RNA stem-loop binding / ribosome binding / midbody / neuron projection / negative regulation of translation / postsynaptic density / synapse / dendrite / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein / CEBP, ZZ domain superfamily / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein ZZ domain / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein / CEBP, ZZ domain superfamily / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein ZZ domain / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Tsuda, K. / Kuwasako, K. / Nagata, T. / Takahashi, M. / Kigawa, T. / Kobayashi, N. / Guntert, P. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Muto, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Novel RNA recognition motif domain in the cytoplasmic polyadenylation element binding protein 3.
著者: Tsuda, K. / Kuwasako, K. / Nagata, T. / Takahashi, M. / Kigawa, T. / Kobayashi, N. / Guntert, P. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Muto, Y.
履歴
登録2014年4月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4291
ポリマ－12,4291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3 / CPE-BP3 / CPE-binding protein 3 / hCPEB-3


分子量: 12428.833 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA recognition motif, UNP RESIDUES 440-540 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Escherichia coli / 遺伝子: CPEB3, KIAA0940 / 発現宿主: Cell-free synthesis (未定義) / 参照: UniProt: Q8NE35

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1312D 1H-15N HSQC
1412D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細内容: 1.06 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity-1, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.06 mM / 構成要素: entity-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 120 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
NMRPipe20030801Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientificデータ解析
KUJIRA0.9843Kobayashi, Nデータ解析
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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