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- PDB-2rt5: Structural insights into the recruitment of SMRT by the co-repres... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rt5
タイトルStructural insights into the recruitment of SMRT by the co-repressor SHARP under phosphorylative regulation
要素
  • Msx2-interacting protein
  • peptide from Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / SHARP / SPOC domain / SMRT / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / random inactivation of X chromosome / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / Notch binding / positive regulation of neurogenesis / RHOBTB1 GTPase cycle / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis ...Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / random inactivation of X chromosome / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / Notch binding / positive regulation of neurogenesis / RHOBTB1 GTPase cycle / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Notch-HLH transcription pathway / Regulation of MECP2 expression and activity / nuclear retinoid X receptor binding / estrous cycle / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / lactation / Notch signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / transcription repressor complex / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / cerebellum development / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / HDACs deacetylate histones / enzyme activator activity / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / histone deacetylase binding / nuclear matrix / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / response to estradiol / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nuclear body / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
SHARP, RNA recognition motif 1 / SHARP, RNA recognition motif 2 / SHARP, RNA recognition motif 3 / SHARP, RNA recognition motif 4 / : / : / : / Msx2-interacting protein, RAM7 domain / Msx2-interacting protein, MID domain / Msx2-interacting protein, nuclear receptor-interacting domain ...SHARP, RNA recognition motif 1 / SHARP, RNA recognition motif 2 / SHARP, RNA recognition motif 3 / SHARP, RNA recognition motif 4 / : / : / : / Msx2-interacting protein, RAM7 domain / Msx2-interacting protein, MID domain / Msx2-interacting protein, nuclear receptor-interacting domain / Spen paralogue/orthologue C-terminal, metazoa / SPOC domain profile. / Ku70; Chain: A; Domain 2 - #10 / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Msx2-interacting protein / Nuclear receptor corepressor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Mikami, S. / Kanaba, T. / Mishima, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the recruitment of SMRT by the corepressor SHARP under phosphorylative regulation.
著者: Mikami, S. / Kanaba, T. / Takizawa, N. / Kobayashi, A. / Maesaki, R. / Fujiwara, T. / Ito, Y. / Mishima, M.
履歴
登録2013年4月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Msx2-interacting protein
B: peptide from Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5742
ポリマ－19,5742
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Msx2-interacting protein / SMART/HDAC1-associated repressor protein / SPEN homolog


分子量: 18471.402 Da / 分子数: 1 / 断片: SPOC domain, residues 3496-3664 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHARP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96T58
#2: タンパク質・ペプチド peptide from Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor


分子量: 1102.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y618
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CO
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D C(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1814D HC(CO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY-HSQC
11113D 1H-13C NOESY-HSQC
11212D 1H-13C HSQC
11313D CBCA(CO)NH
11413D HN(CA)CB
11513D C(CO)NH
11613D H(CCO)NH
11713D (H)CCH-TOCSY
11812D 15N filtered 1H NOESY
11913D HNHB
12013D HN(CO)HB
12113D 15N edited NOESY-HSQC
12213D 13C edited NOESY-HSQC

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試料調製

詳細溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software名称: CNS / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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