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- PDB-2ozq: Crystal Structure of apo-MUP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ozq
タイトルCrystal Structure of apo-MUP
要素Novel member of the major urinary protein (Mup) gene family
キーワードPROTEIN BINDING / Lipocalin / Beta Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


pheromone binding / positive regulation of lipid metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / energy reserve metabolic process / positive regulation of glucose metabolic process / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / heat generation / small molecule binding / locomotor rhythm ...pheromone binding / positive regulation of lipid metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / energy reserve metabolic process / positive regulation of glucose metabolic process / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / heat generation / small molecule binding / locomotor rhythm / negative regulation of lipid storage / negative regulation of gluconeogenesis / aerobic respiration / mitochondrion organization / insulin receptor activity / glucose homeostasis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Major urinary protein / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Major urinary protein 10 / Major urinary protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dennis, C.A. / Homans, S.W. / Phillips, S.E.V. / Syme, N.R.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2007
タイトル: Origin of heat capacity changes in a "nonclassical" hydrophobic interaction.
著者: Syme, N.R. / Dennis, C. / Phillips, S.E. / Homans, S.W.
履歴
登録2007年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Novel member of the major urinary protein (Mup) gene family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4798
ポリマ－20,1391
非ポリマー3407
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Novel member of the major urinary protein (Mup) gene family
ヘテロ分子

A: Novel member of the major urinary protein (Mup) gene family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,95816
ポリマ－40,2792
非ポリマー68014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area2750 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.786, 53.786, 137.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-226-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Novel member of the major urinary protein (Mup) gene family


分子量: 20139.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Swiss / 遺伝子: MUP1 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: A2BIN1, UniProt: P11589*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 55 mM Cadmium Chloride, 0.1 M Malate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月31日
放射モノクロメーター: MSC Confocal Max-Flux optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.4 Å / Num. all: 16532 / Num. obs: 16532 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 16.883 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2623 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1QY0

1qy0


解像度: 1.8→42.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 6.239 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23276 832 5 %RANDOM
Rwork0.18068 ---
obs0.18339 15691 100 %-
all-16532 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.865 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å20 Å20 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3----2.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1262 0 7 198 1467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2051.9491729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2925156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43725.28670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.45115235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.592157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2853
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0550.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.011.5777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69621249
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7323515
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1814.5480
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.81351292
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.00910205
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.678101262
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 77 -
Rwork0.198 1258 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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