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- PDB-2rt3: Solution structure of the second RRM domain of Nrd1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rt3
タイトルSolution structure of the second RRM domain of Nrd1
要素Negative regulator of differentiation 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Nrd1 / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of conjugation with cellular fusion / poly(U) RNA binding / cytoplasmic stress granule / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mrn1, RNA recognition motif 1 / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Mrn1, RNA recognition motif 1 / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Negative regulator of differentiation 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Kobayashi, A. / Kanaba, T. / Mishima, M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Structure of the second RRM domain of Nrd1, a fission yeast MAPK target RNA binding protein, and implication for its RNA recognition and regulation
著者: Kobayashi, A. / Kanaba, T. / Satoh, R. / Fujiwara, T. / Ito, Y. / Sugiura, R. / Mishima, M.
履歴
登録2013年4月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Negative regulator of differentiation 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7931
ポリマ－10,7931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Negative regulator of differentiation 1 / Multicopy suppressor of sporulation protein msa2


分子量: 10793.342 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM2 domain, residues 188-284 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / 遺伝子: nrd1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09702

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CO
1513D HNCO
1613D H(CCO)NH
1713D C(CO)NH
1814D H(CCO)NH
1933D 1H-13C NOESY
11023D 1H-15N NOESY
11123D HNHB
11233D HA(CA)HB
11342D 1H-13C CT-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150 mM potassium phosphate-1, 100 mM sodium chloride-2, 1 mM TCEP-3, 0.1 mM EDTA-4, 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nrd1 RRM2-5, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
250 mM potassium phosphate-6, 100 mM sodium chloride-7, 1 mM TCEP-8, 0.1 mM EDTA-9, 1.2 mM [U-99% 15N] Nrd1 RRM2-10, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
350 mM potassium phosphate-11, 100 mM sodium chloride-12, 1 mM TCEP-13, 0.1 mM EDTA-14, 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nrd1 RRM2-15, 100% D2O100% D2O
450 mM potassium phosphate-16, 100 mM sodium chloride-17, 1 mM TCEP-18, 0.1 mM EDTA-19, 0.35 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] Nrd1 RRM2-20, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMpotassium phosphate-11
100 mMsodium chloride-21
1 mMTCEP-31
0.1 mMEDTA-41
1.0 mMNrd1 RRM2-5[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMpotassium phosphate-62
100 mMsodium chloride-72
1 mMTCEP-82
0.1 mMEDTA-92
1.2 mMNrd1 RRM2-10[U-99% 15N]2
50 mMpotassium phosphate-113
100 mMsodium chloride-123
1 mMTCEP-133
0.1 mMEDTA-143
1.0 mMNrd1 RRM2-15[U-99% 13C; U-99% 15N]3
50 mMpotassium phosphate-164
100 mMsodium chloride-174
1 mMTCEP-184
0.1 mMEDTA-194
0.35 mMNrd1 RRM2-20[U-10% 13C; U-99% 15N]4
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AvanceIII / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
SparkyGoddardchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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