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万見
- PDB-2rrh: NMR structure of vasoactive intestinal peptide in Methanol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rrh
タイトルNMR structure of vasoactive intestinal peptide in Methanol
要素VIP peptides
キーワードHORMONE / peptide hormone
機能・相同性
機能・相同性情報


epinephrine secretion / prolactin secretion / body fluid secretion / neuropeptide hormone activity / mRNA stabilization / peptide hormone receptor binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Glucagon-type ligand receptors / positive regulation of protein catabolic process ...epinephrine secretion / prolactin secretion / body fluid secretion / neuropeptide hormone activity / mRNA stabilization / peptide hormone receptor binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Glucagon-type ligand receptors / positive regulation of protein catabolic process / regulation of protein localization / G alpha (s) signalling events / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Umetsu, Y. / Tenno, T. / Goda, N. / Ikegami, T. / Hiroaki, H.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: Structural difference of vasoactive intestinal peptide in two distinct membrane-mimicking environments.
著者: Umetsu, Y. / Tenno, T. / Goda, N. / Shirakawa, M. / Ikegami, T. / Hiroaki, H.
履歴
登録2010年11月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年1月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: citation / pdbx_nmr_sample_details ...citation / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VIP peptides


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3901
ポリマ－3,3901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3150 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VIP peptides / Intestinal peptide PHV-42 / Intestinal peptide PHM-27 / Peptide histidine methioninamide 27 / ...Intestinal peptide PHV-42 / Intestinal peptide PHM-27 / Peptide histidine methioninamide 27 / Vasoactive intestinal peptide / VIP / Vasoactive intestinal polypeptide


分子量: 3389.883 Da / 分子数: 1
断片: Vasoactive intestinal peptide, residues in UNP 125-153
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01282

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D C(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] VIP-1, 20 mM TRIS-2, 50 % [U-2H] methanol-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMVIP-1[U-13C; U-15N]1
20 mMTRIS-21
50 %methanol-3[U-2H]1
試料状態pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe5.2Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.11Goddardchemical shift assignment
Sparky3.11Goddardpeak picking
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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