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万見
- PDB-2rr9: The solution structure of the K63-Ub2:tUIMs complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rr9
タイトルThe solution structure of the K63-Ub2:tUIMs complex
要素
  • Putative uncharacterized protein UIMC1
  • ubiquitin
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Lys63-linked diubiquitin / ubiquitin-interacting motif / ubiquitin / Rap80 / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


BRCA1-A complex / ubiquitin-modified histone reader activity / mitotic G2/M transition checkpoint / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / response to ionizing radiation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / regulation of DNA repair / Maturation of protein E / Maturation of protein E ...BRCA1-A complex / ubiquitin-modified histone reader activity / mitotic G2/M transition checkpoint / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / response to ionizing radiation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / regulation of DNA repair / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / positive regulation of DNA repair / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Asymmetric localization of PCP proteins / Regulation of NF-kappa B signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Regulation of signaling by CBL / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of DVL / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Negative regulation of FGFR3 signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Fanconi Anemia Pathway / Peroxisomal protein import / Degradation of AXIN / Negative regulation of FGFR2 signaling / Regulation of TNFR1 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Hh mutants are degraded by ERAD / Stabilization of p53 / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Activation of NF-kappaB in B cells
類似検索 - 分子機能
BRCA1-A complex subunit RAP80 / RAP80, N-terminal / RAP80 N-terminal ubiquitin interaction motif / Ubiquitin-interacting motif. / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : ...BRCA1-A complex subunit RAP80 / RAP80, N-terminal / RAP80 N-terminal ubiquitin interaction motif / Ubiquitin-interacting motif. / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Polyubiquitin-C / BRCA1-A complex subunit RAP80
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Sekiyama, N. / Jee, J. / Isogai, S. / Akagi, K. / Huang, T. / Ariyoshi, M. / Tochio, H. / Shirakawa, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The solution structure of the K63-Ub2:tUIMs complex
著者: Sekiyama, N. / Jee, J. / Isogai, S. / Akagi, K. / Huang, T. / Ariyoshi, M. / Tochio, H. / Shirakawa, M.
履歴
登録2010年6月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ubiquitin
B: ubiquitin
C: Putative uncharacterized protein UIMC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4723
ポリマ－22,4723
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 ubiquitin


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0CG48
#2: タンパク質・ペプチド Putative uncharacterized protein UIMC1


分子量: 5318.808 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 79-124 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UIMC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: C9JR12, UniProt: Q96RL1*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1523D C(CO)NH
1623D H(CCO)NH
1722D 1H-13C HSQC
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11032D 1H-15N HSQC
11133D C(CO)NH
11233D H(CCO)NH
11332D 1H-13C HSQC
11433D 1H-15N NOESY
11533D 1H-13C NOESY
11642D 1H-15N HSQC
11743D C(CO)NH
11843D H(CCO)NH
11942D 1H-13C HSQC
12043D 1H-15N NOESY
12143D 1H-13C NOESY
12213D 15N-edited/15N,13C-filtered NOESY
12333D 15N-edited/15N,13C-filtered NOESY
12443D 15N-edited/15N,13C-filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.4 mM ubiquitin 1-1, 2.4 mM ubiquitin 2-2, 2.4 mM [U-13C; U-15N] tandem UIMs of Rap80-3, 1 mM DTT-4, 50 mM sodium phosphate-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM ubiquitin 1-6, 2 mM ubiquitin 2-7, 2 mM [U-13C; U-15N; U-70% 2H] tandem UIMs of Rap80-8, 1 mM DTT-9, 50 mM sodium phosphate-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
32.9 mM [U-13C; U-15N] ubiquitin 1-11, 2.9 mM ubiquitin 2-12, 2.9 mM tandem UIMs of Rap80-13, 1 mM DTT-14, 50 mM sodium phosphate-15, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
42.9 mM ubiquitin 1-16, 2.9 mM [U-13C; U-15N] ubiquitin 2-17, 2.9 mM tandem UIMs of Rap80-18, 1 mM DTT-19, 50 mM sodium phosphate-20, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.4 mMubiquitin 1-11
2.4 mMubiquitin 2-21
2.4 mMtandem UIMs of Rap80-3[U-13C; U-15N]1
1 mMDTT-41
50 mMsodium phosphate-51
2 mMubiquitin 1-62
2 mMubiquitin 2-72
2 mMtandem UIMs of Rap80-8[U-13C; U-15N; U-70% 2H]2
1 mMDTT-92
50 mMsodium phosphate-102
2.9 mMubiquitin 1-11[U-13C; U-15N]3
2.9 mMubiquitin 2-123
2.9 mMtandem UIMs of Rap80-133
1 mMDTT-143
50 mMsodium phosphate-153
2.9 mMubiquitin 1-164
2.9 mMubiquitin 2-17[U-13C; U-15N]4
2.9 mMtandem UIMs of Rap80-184
1 mMDTT-194
50 mMsodium phosphate-204
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, Kollm精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichchemical shift assignment
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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