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万見
- PDB-2rqw: Solution structure of Bem1p SH3CI domain complexed with Ste20p-PR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rqw
タイトルSolution structure of Bem1p SH3CI domain complexed with Ste20p-PRR peptide
要素
  • 24-meric peptide from Serine/threonine-protein kinase STE20
  • Bud emergence protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Bem1p / Ste20p / SH3CI / PRR / Cytoplasm / Cytoskeleton / SH3 domain / Cell cycle / Pheromone response / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol import / histone H2BS14 kinase activity / CD28 dependent Vav1 pathway / osmosensory signaling pathway via Sho1 osmosensor / RHO GTPases activate PAKs / signal transduction involved in filamentous growth / bipolar cellular bud site selection / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHOD GTPase cycle / RHOV GTPase cycle ...sterol import / histone H2BS14 kinase activity / CD28 dependent Vav1 pathway / osmosensory signaling pathway via Sho1 osmosensor / RHO GTPases activate PAKs / signal transduction involved in filamentous growth / bipolar cellular bud site selection / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHOD GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / budding cell apical bud growth / conjugation with cellular fusion / RHOQ GTPase cycle / cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / RHOU GTPase cycle / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / PAR polarity complex / pseudohyphal growth / site of polarized growth / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / invasive growth in response to glucose limitation / vacuole inheritance / cellular bud site selection / incipient cellular bud site / cellular bud tip / maintenance of protein location / regulation of exit from mitosis / cellular bud neck / mating projection tip / regulation of Rho protein signal transduction / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / superoxide anion generation / regulation of axonogenesis / MAPK6/MAPK4 signaling / regulation of MAPK cascade / stress granule assembly / protein-macromolecule adaptor activity / cell cortex / molecular adaptor activity / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bem1/Scd2, SH3 domain 1 / Bem1/Scd2, SH3 domain 2 / Bem1/Scd2, PX domain / p21 activated kinase binding domain / PB1 domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain ...Bem1/Scd2, SH3 domain 1 / Bem1/Scd2, SH3 domain 2 / Bem1/Scd2, PX domain / p21 activated kinase binding domain / PB1 domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / PB1 domain profile. / PB1 domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bud emergence protein 1 / Serine/threonine-protein kinase STE20
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Takaku, T. / Ogura, K. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Solution structure of a novel Cdc42-binding module of Bem1 and its interaction with Ste20 and Cdc42
著者: Takaku, T. / Ogura, K. / Kumeta, H. / Yoshida, N. / Inagaki, F.
履歴
登録2009年12月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bud emergence protein 1
B: 24-meric peptide from Serine/threonine-protein kinase STE20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7472
ポリマ－13,7472
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1386.5 Å2
ΔGint-10.4 kcal/mol
Surface area9136.3 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bud emergence protein 1 / Bem1p / Suppressor of RHO3 protein 1


分子量: 11414.939 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3CI domain, residues 156-260 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29366
#2: タンパク質・ペプチド 24-meric peptide from Serine/threonine-protein kinase STE20 / Ste20p-PRR peptide


分子量: 2331.562 Da / 分子数: 1 / 断片: BEM1-binding domain, residues 463-486 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03497

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.5mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein; 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: entity-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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