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万見
- PDB-2rqc: Solution Structure of RNA-binding domain 3 of CUGBP1 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rqc
タイトルSolution Structure of RNA-binding domain 3 of CUGBP1 in complex with RNA (UG)3
要素
  • 5'-R(*UP*GP*UP*GP*UP*G)-3'
  • CUG-BP- and ETR-3-like factor 1
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / RRM DOMAIN / RBD / PROTEIN-RNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX / STRUCTURAL GENOMICS / NPPSFA / NATIONAL PROJECT ON PROTEIN STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSES / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI / ACTIVATOR / ALTERNATIVE SPLICING / CYTOPLASM / MRNA PROCESSING / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / RNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


BRE binding / perinucleolar compartment / post-transcriptional gene silencing / mRNA splice site recognition / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / embryo development ending in birth or egg hatching / pre-mRNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA destabilization / regulation of RNA splicing ...BRE binding / perinucleolar compartment / post-transcriptional gene silencing / mRNA splice site recognition / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / embryo development ending in birth or egg hatching / pre-mRNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA destabilization / regulation of RNA splicing / germ cell development / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / regulation of inflammatory response / ribonucleoprotein complex / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / mRNA binding / positive regulation of gene expression / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CELF1/2, RNA recognition motif 2 / CELF1/2, RNA recognition motif 3 / CELF1/2, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...CELF1/2, RNA recognition motif 2 / CELF1/2, RNA recognition motif 3 / CELF1/2, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / CUGBP Elav-like family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, restrained MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMIZATION
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Tsuda, K. / Kuwasako, K. / Takahashi, M. / Someya, T. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the sequence-specific RNA-recognition mechanism of human CUG-BP1 RRM3
著者: Tsuda, K. / Kuwasako, K. / Takahashi, M. / Someya, T. / Inoue, M. / Terada, T. / Kobayashi, N. / Shirouzu, M. / Kigawa, T. / Tanaka, A. / Sugano, S. / Guntert, P. / Muto, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2009年4月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CUG-BP- and ETR-3-like factor 1
B: 5'-R(*UP*GP*UP*GP*UP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1742
ポリマ－14,1742
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 CUG-BP- and ETR-3-like factor 1 / CELF-1 / Bruno-like protein 2 / RNA-binding protein BRUNOL-2 / CUG triplet repeat RNA-binding ...CELF-1 / Bruno-like protein 2 / RNA-binding protein BRUNOL-2 / CUG triplet repeat RNA-binding protein 1 / CUG-BP1 / Deadenylation factor CUG-BP / 50 kDa nuclear polyadenylated RNA-binding protein / Embryo deadenylation element-binding protein homolog / EDEN-BP homolog


分子量: 12264.778 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA RECOGNITION MOTIF, RESIDUES 383-484 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: E. COLI - CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS / 遺伝子: CUGBP1 / 発現宿主: FREE PROTEIN SYNTHESIS / 参照: UniProt: Q92879
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*GP*UP*GP*UP*G)-3'


分子量: 1909.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1213D 1H-15N NOESY
1312D 1H-1H NOESY
1423D 1H-13C NOESY
1522D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.800 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CUG-BP- AND ETR-3-LIKE FACTOR 1-1, 0.800 mM RNA (5'-R(*UP*GP*UP*GP*UP*G)-3')-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.800 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CUG-BP- AND ETR-3-LIKE FACTOR 1-3, 0.800 mM RNA (5'-R(*UP*GP*UP*GP*UP*G)-3')-4, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
800 uMCUG-BP- AND ETR-3-LIKE FACTOR 1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
800 uMRNA (5'-R(*UP*GP*UP*GP*UP*G)-3')-21
800 uMCUG-BP- AND ETR-3-LIKE FACTOR 1-3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
800 uMRNA (5'-R(*UP*GP*UP*GP*UP*G)-3')-42
試料状態イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: AMBIENT / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: BRUKER AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
NMRPipe20060702Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientificデータ解析
KUJIRA0.9825Kobayashi. Nデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, restrained MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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