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- PDB-2rpq: Solution Structure of a SUMO-interacting motif of MBD1-containing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rpq
タイトルSolution Structure of a SUMO-interacting motif of MBD1-containing chromatin-associated factor 1 bound to SUMO-3
要素
  • Activating transcription factor 7-interacting protein 1
  • Small ubiquitin-related modifier 2
キーワードTRANSCRIPTION / SUMO / SIM / Nucleus / Ubl conjugation pathway / Activator / Host-virus interaction / Phosphoprotein / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is proteolytically processed / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMO transferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / ubiquitin-like protein ligase binding / SUMOylation of transcription factors ...SUMO is proteolytically processed / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMO transferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / ubiquitin-like protein ligase binding / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of DNA replication proteins / protein sumoylation / postsynaptic cytosol / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / presynaptic cytosol / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / transcription coregulator activity / SUMOylation of intracellular receptors / Formation of Incision Complex in GG-NER / protein tag activity / PML body / GABA-ergic synapse / PKMTs methylate histone lysines / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Processing of DNA double-strand break ends / transcription regulator complex / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Activating transcription factor 7-interacting protein / ATF7-interacting protein , protein binding domain / : / ATF-interacting protein binding domain / Fibronectin-III type domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Activating transcription factor 7-interacting protein / ATF7-interacting protein , protein binding domain / : / ATF-interacting protein binding domain / Fibronectin-III type domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ubiquitin-related modifier 2 / Activating transcription factor 7-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sekiyama, N. / Ikegami, T. / Yamane, T. / Ikeguchi, M. / Uchimura, Y. / Baba, D. / Ariyoshi, M. / Tochio, H. / Saitoh, H. / Shirakawa, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure of the small ubiquitin-like modifier (SUMO)-interacting motif of MBD1-containing chromatin-associated factor 1 bound to SUMO-3
著者: Sekiyama, N. / Ikegami, T. / Yamane, T. / Ikeguchi, M. / Uchimura, Y. / Baba, D. / Ariyoshi, M. / Tochio, H. / Saitoh, H. / Shirakawa, M.
履歴
登録2008年7月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年12月9日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small ubiquitin-related modifier 2
B: Activating transcription factor 7-interacting protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5402
ポリマ－15,5402
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Small ubiquitin-related modifier 2 / SUMO-2 / Ubiquitin-like protein SMT3B / SMT3 homolog 2 / Sentrin-2 / HSMT3 / SUMO-3


分子量: 10623.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61956
#2: タンパク質・ペプチド Activating transcription factor 7-interacting protein 1 / ATFa-associated modulator / hAM / ATF-interacting protein / ATF-IP / MBD1-containing chromatin- ...ATFa-associated modulator / hAM / ATF-interacting protein / ATF-IP / MBD1-containing chromatin-associated factor 1 / P621


分子量: 4916.150 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 938-981 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This entity is chemically synthesized. / 参照: UniProt: Q6VMQ6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY
11113D HCACO

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試料調製

詳細内容: 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SIMMCAF1, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.7 mM / 構成要素: SIMMCAF1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN精密化
MARBLEIkeguchi, M.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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