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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2roo | ||||||
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タイトル | Solution structure of Magi4, a spider toxin from Macrothele gigas | ||||||
![]() | Neurotoxin magi-4 | ||||||
![]() | TOXIN / spider / sodium channel inhibitor / Cleavage on pair of basic residues / Ionic channel inhibitor / Knottin / Neurotoxin / Secreted | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Yamaji, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Chemical synthesis and solution structure of a spider toxin that affects the inactivation of mammalian sodium channels 著者: Yamaji, N. / Nishio, H. / Villegas, E. / Nishiuchi, Y. / Corzo, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 265.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 229.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 342.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 495.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5165.951 Da / 分子数: 1 / 断片: Neurotoxin magi-4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. / 参照: UniProt: P83560 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 3.7 mM magi4, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 3.7 mM / 構成要素: magi4 |
試料状態 | pH: 2.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |