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- PDB-2rn4: Solution structure of the alkaline proteinase inhibitor APRin fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rn4
タイトルSolution structure of the alkaline proteinase inhibitor APRin from Pseudomonas aeruginosa
要素Proteinase inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / protein / Metalloenzyme inhibitor / Metalloprotease inhibitor / Periplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloendopeptidase inhibitor activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Protease inhibitor / Alkaline proteinase inhibitor/ Outer membrane lipoprotein Omp19 / Protease inhibitor Inh / Protease inhibitor, beta-barrel domain / Lipocalin - #10 / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteinase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing
データ登録者Arumugam, S. / Gray, R.D. / Lane, A.N.
引用
ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2008
タイトル: NMR structure note: alkaline proteinase inhibitor APRin from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Arumugam, S. / Gray, R.D. / Lane, A.N.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2005
タイトル: 1H, 15N and 13C assignments of the alkaline proteinase inhibitor APRin from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Arumugam, S. / Gray, R.D. / Lane, A.N.
履歴
登録2007年12月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3971
ポリマ－11,3971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Proteinase inhibitor / Alkaline proteinase inhibitor / Aprin


分子量: 11396.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: inh, aprI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q03026
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CO)CA
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D H(CCO)NH
11013D HNHA
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-15N TOCSY
11313D 1H-13C NOESY
11413D HCACO
11532D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Alkaline Proteinase Inhibitor, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.8 mM [U-100% 15N] Alkaline Proteinase Inhibitor, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Alkaline Proteinase Inhibitor, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.7 mMAlkaline Proteinase Inhibitor[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate1
100 mMpotassium chloride1
0.8 mMAlkaline Proteinase Inhibitor[U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
100 mMpotassium chloride2
0.6 mMAlkaline Proteinase Inhibitor[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphate3
100 mMpotassium chloride3
試料状態イオン強度: 0.24 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS2.3-3.0Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNSGoddardデータ解析
CNSGoddardpeak picking
CNS2.9.7精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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