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万見
- PDB-2rmk: Rac1/PRK1 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rmk
タイトルRac1/PRK1 Complex
要素
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
  • Serine/threonine-protein kinase N1
キーワードMEMBRANE PROTEIN/TRANSFERASE / G protein / effector / ADP-ribosylation / Alternative splicing / GTP-binding / Lipoprotein / Membrane / Methylation / Nucleotide-binding / Polymorphism / Prenylation / ATP-binding / Cytoplasm / Kinase / Phosphorylation / Serine/threonine-protein kinase / Transferase / MEMBRANE PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell migration / protein kinase C / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Activated NTRK2 signals through CDK5 / renal system process / negative regulation of receptor-mediated endocytosis ...epithelial cell migration / protein kinase C / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Activated NTRK2 signals through CDK5 / renal system process / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / Inactivation of CDC42 and RAC1 / regulation of germinal center formation / NADPH oxidase complex / engulfment of apoptotic cell / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / B cell apoptotic process / histone H3T11 kinase activity / ruffle organization / hyperosmotic response / thioesterase binding / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of fibroblast migration / cell projection assembly / regulation of cell motility / RHO GTPases activate CIT / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / Nef and signal transduction / regulation of androgen receptor signaling pathway / PCP/CE pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of immunoglobulin production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / RHO GTPases activate KTN1 / Activation of RAC1 / motor neuron axon guidance / regulation of lamellipodium assembly / Azathioprine ADME / MET activates RAP1 and RAC1 / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / nuclear androgen receptor binding / regulation of cell size / establishment or maintenance of cell polarity / DSCAM interactions / RHOB GTPase cycle / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / positive regulation of Rho protein signal transduction / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHOC GTPase cycle / negative regulation of B cell proliferation / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / cleavage furrow / B cell homeostasis / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ficolin-1-rich granule membrane / RHOA GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / localization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases activate IQGAPs / anatomical structure morphogenesis / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RHO GTPases activate PKNs / regulation of cell migration / spleen development / positive regulation of microtubule polymerization / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / post-translational protein modification / cell-matrix adhesion / cell chemotaxis / small monomeric GTPase / secretory granule membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / G protein activity
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase N1, second HR1 domain / HR1 repeat / Serine/threonine-protein kinase N, first HR1 domain / Serine/threonine-protein kinase N, C2 domain / Hr1 repeat / Rho effector or protein kinase C-related kinase homology region 1 homologues / HR1 repeat superfamily / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Protein kinase, C-terminal ...Serine/threonine-protein kinase N1, second HR1 domain / HR1 repeat / Serine/threonine-protein kinase N, first HR1 domain / Serine/threonine-protein kinase N, C2 domain / Hr1 repeat / Rho effector or protein kinase C-related kinase homology region 1 homologues / HR1 repeat superfamily / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / C2 domain / C2 domain profile. / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Helix Hairpins / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Serine/threonine-protein kinase N1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Modha, R. / Campbell, L.J. / Nietlispach, D. / Buhecha, H.R. / Owen, D. / Mott, H.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The Rac1 Polybasic Region Is Required for Interaction with Its Effector PRK1
著者: Modha, R. / Campbell, L.J. / Nietlispach, D. / Buhecha, H.R. / Owen, D. / Mott, H.R.
履歴
登録2007年10月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
B: Serine/threonine-protein kinase N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0264
ポリマ－30,4812
非ポリマー5462
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / p21-Rac1 / Ras-like protein TC25 / Cell migration-inducing gene 5 protein


分子量: 21463.143 Da / 分子数: 1 / 変異: Q61L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63000
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase N1 / PRK1_HR1b / Protein kinase C-like 1 / Protein-kinase C-related kinase 1 / Protein kinase C-like PKN ...PRK1_HR1b / Protein kinase C-like 1 / Protein-kinase C-related kinase 1 / Protein kinase C-like PKN / Serine-threonine protein kinase N / Protein kinase PKN-alpha


分子量: 9017.416 Da / 分子数: 1 / Fragment: HR1b domain, REM 2, UNP residues 122-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKN1, PKN, PRK1, PRKCL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16512, protein kinase C
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D 1H-13C NOESY
1323D 13C-edited
14213C-separated NOESY
1533D 1H-15N NOESY
1643D 1H-13C NOESY
1743D 13C-edited
18413C-separated NOESY
1953D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6mM [U-13C; U-15N; U-2H] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6mM [U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
40.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 Rac1; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
50.6mM [U-100% 15N] HR1b; 0.6mM PRK1 Rac1; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMRac1[U-13C; U-15N; U-2H]1
0.6 mMPRK1 HR1b1
0.7 mMPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER1
0.6 mMRac1[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.6 mMPRK1 HR1b2
0.7 mMPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER2
0.6 mMRac1[U-100% 15N]3
0.6 mMPRK1 HR1b3
0.7 mMPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER3
0.6 mMHR1b[U-100% 13C; U-100% 15N]4
0.6 mMPRK1 Rac14
0.7 mMPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER4
0.6 mMHR1b[U-100% 15N]5
0.6 mMPRK1 Rac15
0.7 mMPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER5
試料状態イオン強度: 0.225 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Azara2.7Boucher解析
ANSIGKraulischemical shift assignment
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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