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- PDB-2rlf: Proton Channel M2 from Influenza A in complex with inhibitor rima... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rlf
タイトルProton Channel M2 from Influenza A in complex with inhibitor rimantadine
要素Matrix protein 2
キーワードPROTON TRANSPORT / m2 / proton channel / rimantadine
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / suppression by virus of host autophagy / protein complex oligomerization / proton transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane ...: / : / suppression by virus of host autophagy / protein complex oligomerization / proton transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2)
類似検索 - ドメイン・相同性
RIMANTADINE / Matrix protein 2 / Matrix protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chou, J.J. / Schnell, J.R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structure and mechanism of the M2 proton channel of influenza A virus.
著者: Schnell, J.R. / Chou, J.J.
履歴
登録2007年7月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 2
B: Matrix protein 2
C: Matrix protein 2
D: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7538
ポリマ－20,0364
非ポリマー7174
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 150overall energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Matrix protein 2 / Proton channel protein M2


分子量: 5008.885 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 18-60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Udorn/307/1972(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A/Udorn/307/1972 H3N2 / 遺伝子: M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63231, UniProt: P0DOF8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-RIM / RIMANTADINE / 1-(1-ADAMANTYL)ETHANAMINE / (R)-1-(1-アダマンチル)エチルアミン


分子量: 179.302 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21N / コメント: 抗ウイルス剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1253D HNCA
1353D HN(CA)CB
1433D 1H-15N NOESY
1543D 1H-13C NOESY
1663D 1H-15N NOESY
1743D 1H-13C NOESY
182J(NCgamma-aliphatic)
192J(NCgamma-aromatic)
1104J(methyl-NH)
1114J(methyl-CO)
1124J(methyl-CA)
1131interleaved TROSY + HSQC
1141interleaved TROSY + HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.75mM [U-100% 15N] protein, 40mM phosphate, 30mM glutamate, 40mM rimantadine, 250mM dihexanoylphosphocholine, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.75mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 40mM phosphate, 30mM glutamate, 40mM rimantadine, 250mM dihexanoylphosphocholine, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.75mM [U-100% 15N] protein, 40mM phosphate, 30mM glutamate, 40mM rimantadine, 250mM [U-100% 2H] dihexanoylphosphocholine, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
40.75mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 40mM phosphate, 30mM glutamate, 40mM rimantadine, 250mM [U-100% 2H] dihexanoylphosphocholine, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
50.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] entity, 40 mM phosphate, 30 mM glutamate, 40 mM rimantadine, 250 mM dihexanoylphosphocholine, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
60.75mM [U-15N; U-2H] protein, 40mM phosphate, 30mM glutamate, 40mM rimantadine, 250mM [U-100% 2H] dihexanoylphosphocholine, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.75 mMprotein[U-100% 15N]1
40 mMphosphate1
30 mMglutamate1
40 mMrimantadine1
250 mMdihexanoylphosphocholine1
0.75 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]2
40 mMphosphate2
30 mMglutamate2
40 mMrimantadine2
250 mMdihexanoylphosphocholine2
0.75 mMentity[U-100% 15N]3
40 mMphosphate3
30 mMglutamate3
40 mMrimantadine3
250 mMdihexanoylphosphocholine[U-100% 2H]3
0.75 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]4
40 mMphosphate4
30 mMglutamate4
40 mMrimantadine4
250 mMdihexanoylphosphocholine[U-100% 2H]4
0.75 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H]5
40 mMphosphate5
30 mMglutamate5
40 mMrimantadine5
250 mMdihexanoylphosphocholine5
0.75 mMentity[U-15N; U-2H]6
40 mMphosphate6
30 mMglutamate6
40 mMrimantadine6
250 mMdihexanoylphosphocholine[U-100% 2H]6
試料状態pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 303.1 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipe3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CARA1.8Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8Keller and Wuthrichchemical shift assignment
X-PLOR NIH2.17.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore精密化
X-PLOR NIH2.17.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore構造決定
MOLMOL2K.2Koradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: overall energy / 計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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