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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rkv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of F. graminearum TRI101 complexed with Coenzyme A and T-2 mycotoxin | ||||||
要素 | Trichothecene 3-O-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / acetyltransferase / BAHD superfamily / trichothecene / deoxynivalenol / T-2 / acetyl CoA / Fusarium / TRI101 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Garvey, G.S. / Rayment, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Structural and Functional Characterization of the TRI101 Trichothecene 3-O-Acetyltransferase from Fusarium sporotrichioides and Fusarium graminearum: KINETIC INSIGHTS TO COMBATING FUSARIUM HEAD BLIGHT 著者: Garvey, G.S. / McCormick, S.P. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rkv.cif.gz | 115.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2rkv.ent.gz | 86.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rkv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2rkv_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2rkv_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2rkv_validation.xml.gz | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2rkv_validation.cif.gz | 37.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/2rkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/2rkv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49449.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌) 株: PH-1 / 遺伝子: tri101 / Plasmid details: rTEV cleavable N terminal His Tag / プラスミド: pET31b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9HDE2, UniProt: O42692*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-COA / |
#3: 化合物 | ChemComp-MPO / |
#4: 化合物 | ChemComp-ZBA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 2.1M sodium malonate, 100 mM 3-N-morpholino propanesulfonic acid, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97907 Å |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97907 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 78126 / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 20.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 46.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2zba 解像度: 1.6→33.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.472 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.061 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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