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- PDB-2rje: Crystal structure of L3MBTL1 in complex with H4K20Me2 (residues 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rje
タイトルCrystal structure of L3MBTL1 in complex with H4K20Me2 (residues 17-25), orthorhombic form II
要素
  • Histone H4
  • Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
キーワードTRANSCRIPTION / L(3)MBT-LIKE PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Chromatin regulator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Repressor / Transcription regulation / Zinc-finger / Chromosomal protein / Methylation / Nucleosome core
機能・相同性
機能・相同性情報


SAM domain binding / chromatin lock complex / regulation of megakaryocyte differentiation / regulation of mitotic nuclear division / hemopoiesis / nucleosome binding / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome ...SAM domain binding / chromatin lock complex / regulation of megakaryocyte differentiation / regulation of mitotic nuclear division / hemopoiesis / nucleosome binding / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / condensed chromosome / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / telomere organization / Meiotic synapsis / methylated histone binding / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / heterochromatin formation / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / HATs acetylate histones / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : ...: / : / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SH3 type barrels. - #140 / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / SH3 type barrels. / Histone-fold / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Allali-Hassani, A. / Liu, Y. / Herzanych, N. / Ouyang, H. / Mackenzie, F. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Weigelt, J. ...Allali-Hassani, A. / Liu, Y. / Herzanych, N. / Ouyang, H. / Mackenzie, F. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: L3MBTL1 recognition of mono- and dimethylated histones.
著者: Min, J. / Allali-Hassani, A. / Nady, N. / Qi, C. / Ouyang, H. / Liu, Y. / MacKenzie, F. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2007年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月25日Group: Derived calculations
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
P: Histone H4
Q: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,1767
ポリマ－116,1055
非ポリマー712
水17,114950
1
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
Q: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2123
ポリマ－39,1772
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
P: Histone H4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1772
ポリマ－39,1772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
P: Histone H4
Q: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3895
ポリマ－78,3544
非ポリマー351
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7872
ポリマ－37,7511
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.894, 124.640, 90.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-592-

HOH

21B-639-

HOH

31B-762-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lethal(3)malignant brain tumor-like protein / L(3)mbt-like / L(3)mbt protein homolog / H-l(3)mbt protein / H-L(3)MBT / L3MBTL1


分子量: 37751.211 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 200-530 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: L3MBTL, KIAA0681, L3MBT / プラスミド: pET28a-mhl / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y468
#2: タンパク質・ペプチド Histone H4


分子量: 1425.706 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 参照: UniProt: P62805*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 950 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 6% PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate, 20% Glycerol, 0.1 M Sodium acetate pH 4.4 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月18日 / 詳細: varimax
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→37.48 Å / Num. all: 103400 / Num. obs: 103400 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PQW

2pqw


解像度: 1.86→37.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.02 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23131 5159 5 %RANDOM
Rwork0.19086 ---
obs0.19292 98168 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.538 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→37.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7746 0 2 950 8698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0218054
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4441.92410997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1775945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.87923.632402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.863151193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6981540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.23614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.25312
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0061.54903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55527778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32333726
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4734.53219
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 317 -
Rwork0.32 6469 -
obs--89.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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