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- PDB-2rik: I-band fragment I67-I69 from titin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rik
タイトルI-band fragment I67-I69 from titin
要素Titin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / I-set Ig fold / poly-Ig linear array
機能・相同性
機能・相同性情報


telethonin binding
類似検索 - 分子機能
Titin, Z repeat / Titin Z / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Titin, Z repeat / Titin Z / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Marino, M. / von Castelmur, E. / Labeit, D. / Labeit, S. / Mayans, O.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: A regular pattern of Ig super-motifs defines segmental flexibility as the elastic mechanism of the titin chain
著者: von Castelmur, E. / Marino, M. / Svergun, D.I. / Kreplak, L. / Ucurum-Fotiadis, Z. / Konarev, P.V. / Urzhumtsev, A. / Labeit, D. / Labeit, S. / Mayans, O.
#1: ジャーナル: J.Muscle Res.Cell.Motil. / 年: 2005
タイトル: Poly-Ig tandems from I-band titin share extended domain arrangements irrespective of the distinct features of their modular constituents
著者: Marino, M. / Svergun, D.I. / Kreplak, L. / Konarev, P.V. / Maco, B. / Labeit, D. / Mayans, O.
履歴
登録2007年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Titin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3231
ポリマ－31,3231
非ポリマー00
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.686, 86.294, 44.698
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Titin


分子量: 31322.566 Da / 分子数: 1 / 断片: I67-I69 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosetta
参照: UniProt: O97791*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE DATABASE SEQUENCE ENTRY COVERING THIS CONSTRUCT IS EMBL Y14852, RABBIT SOLEUS TITIN MRNA, BASES ...THE DATABASE SEQUENCE ENTRY COVERING THIS CONSTRUCT IS EMBL Y14852, RABBIT SOLEUS TITIN MRNA, BASES 12457-13296. THE CLOSEST HOMOLOG IS HUMAN TITIN SWISSPROT ENTRY Q8WZ42, RESIDUES 8137-84.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19 Å / Num. obs: 41644 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.57 % / Biso Wilson estimate: 25.981 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 15.25
反射 シェル解像度: 1.6→1.62 Å / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1312 / % possible all: 87.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: trimmed poly-Ala model of 1TLK

1tlk


解像度: 1.6→18.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.014 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1042 2.5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs-41644 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.022 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å20.8 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→18.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2191 0 0 479 2670
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.9683034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9975282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.8124.83591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.08315404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.399159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2899
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21504
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2051.51463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78222290
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8613900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.364.5743
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 73 -
Rwork0.21 2815 -
all-2888 -
obs-2815 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85370.2356-0.67870.4776-0.46471.9666-0.07280.0149-0.0503-0.0370.079-0.0348-0.0240.0869-0.0062-0.0326-0.0176-0.0029-0.0184-0.0034-0.02384.73467.987417.2591
20.48820.1901-0.22733.5479-1.77711.2590.0273-0.01860.0208-0.1770.06040.17570.0976-0.1037-0.0877-0.03-0.0294-0.0173-0.02250.0342-0.037514.82940.4355-11.9279
30.9138-0.1359-0.50441.3944-0.70461.1317-0.03820.0412-0.04720.0689-0.0171-0.0123-0.0227-0.01920.0553-0.02440.0192-0.0165-0.02760.0303-0.02427.81165.2411-44.4707
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-1 - 913 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2AA94 - 18698 - 190
3X-RAY DIFFRACTION3AA188 - 280192 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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