PDB-2rif: CBS domain protein PAE2072 from Pyrobaculum aerophilum complexed ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rif

タイトル

CBS domain protein PAE2072 from Pyrobaculum aerophilum complexed with AMP

要素

Conserved protein with 2 CBS domains

キーワード

LIGAND-BINDING PROTEIN / CBS domain / Bateman domain / AMP binding protein / TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum aerophilum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Lee, T.M. / King, N.P. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structures and Functional Implications of an AMP-Binding Cystathionine beta-Synthase Domain Protein from a Hyperthermophilic Archaeon.
著者: King, N.P. / Lee, T.M. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2007年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	2rif_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	2rihC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rih-d 6zn8-2 4iqa-1 3fhm-1 3kpc-1 2d2z-1 3uvh-1 1k0o-1 6gzy-2 4o9k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#140 - 2011年8月
ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG)
類似性 (4)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Conserved protein with 2 CBS domains

B: Conserved protein with 2 CBS domains

C: Conserved protein with 2 CBS domains

D: Conserved protein with 2 CBS domains

ヘテロ分子

65.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Conserved protein with 2 CBS domains

B: Conserved protein with 2 CBS domains

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Conserved protein with 2 CBS domains

D: Conserved protein with 2 CBS domains

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.726, 55.726, 336.351
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	SER	1	A	A	11 - 14	14 - 17
2	1	1	PRO	SER	1	B	B	11 - 14	14 - 17
3	1	1	PRO	SER	1	C	C	11 - 14	14 - 17
4	1	1	PRO	SER	1	D	D	11 - 14	14 - 17
5	2	1	PRO	GLU	1	A	A	16 - 17	19 - 20
6	2	1	PRO	GLU	1	B	B	16 - 17	19 - 20
7	2	1	PRO	GLU	1	C	C	16 - 17	19 - 20
8	2	1	PRO	GLU	1	D	D	16 - 17	19 - 20
9	3	1	ALA	ALA	1	A	A	19 - 29	22 - 32
10	3	1	ALA	ALA	1	B	B	19 - 29	22 - 32
11	3	1	ALA	ALA	1	C	C	19 - 29	22 - 32
12	3	1	ALA	ALA	1	D	D	19 - 29	22 - 32
13	4	1	ASN	ASN	1	A	A	31	34
14	4	1	ASN	ASN	1	B	B	31	34
15	4	1	ASN	ASN	1	C	C	31	34
16	4	1	ASN	ASN	1	D	D	31	34
17	5	1	ASP	PRO	1	A	A	42 - 44	45 - 47
18	5	1	ASP	PRO	1	B	B	42 - 44	45 - 47
19	5	1	ASP	PRO	1	C	C	42 - 44	45 - 47
20	5	1	ASP	PRO	1	D	D	42 - 44	45 - 47
21	6	1	PRO	LEU	1	A	A	47 - 57	50 - 60
22	6	1	PRO	LEU	1	B	B	47 - 57	50 - 60
23	6	1	PRO	LEU	1	C	C	47 - 57	50 - 60
24	6	1	PRO	LEU	1	D	D	47 - 57	50 - 60
25	7	1	ALA	ALA	1	A	A	59 - 61	62 - 64
26	7	1	ALA	ALA	1	B	B	59 - 61	62 - 64
27	7	1	ALA	ALA	1	C	C	59 - 61	62 - 64
28	7	1	ALA	ALA	1	D	D	59 - 61	62 - 64
29	8	1	LEU	LEU	1	A	A	64	67
30	8	1	LEU	LEU	1	B	B	64	67
31	8	1	LEU	LEU	1	C	C	64	67
32	8	1	LEU	LEU	1	D	D	64	67
33	9	1	PRO	PRO	1	A	A	77	80
34	9	1	PRO	PRO	1	B	B	77	80
35	9	1	PRO	PRO	1	C	C	77	80
36	9	1	PRO	PRO	1	D	D	77	80
37	10	1	THR	LEU	1	A	A	79 - 81	82 - 84
38	10	1	THR	LEU	1	B	B	79 - 81	82 - 84
39	10	1	THR	LEU	1	C	C	79 - 81	82 - 84
40	10	1	THR	LEU	1	D	D	79 - 81	82 - 84
41	11	1	THR	VAL	1	A	A	83 - 86	86 - 89
42	11	1	THR	VAL	1	B	B	83 - 86	86 - 89
43	11	1	THR	VAL	1	C	C	83 - 86	86 - 89
44	11	1	THR	VAL	1	D	D	83 - 86	86 - 89
45	12	1	MET	MET	1	A	A	93	96
46	12	1	MET	MET	1	B	B	93	96
47	12	1	MET	MET	1	C	C	93	96
48	12	1	MET	MET	1	D	D	93	96
49	13	1	ASN	ASN	1	A	A	97 - 105	100 - 108
50	13	1	ASN	ASN	1	B	B	97 - 105	100 - 108
51	13	1	ASN	ASN	1	C	C	97 - 105	100 - 108
52	13	1	ASN	ASN	1	D	D	97 - 105	100 - 108
53	14	1	ASN	ILE	1	A	A	107 - 116	110 - 119
54	14	1	ASN	ILE	1	B	B	107 - 116	110 - 119
55	14	1	ASN	ILE	1	C	C	107 - 116	110 - 119
56	14	1	ASN	ILE	1	D	D	107 - 116	110 - 119
57	15	1	ASP	PHE	1	A	A	118 - 121	121 - 124
58	15	1	ASP	PHE	1	B	B	118 - 121	121 - 124
59	15	1	ASP	PHE	1	C	C	118 - 121	121 - 124
60	15	1	ASP	PHE	1	D	D	118 - 121	121 - 124
61	16	1	ALA	LEU	1	A	A	124 - 126	127 - 129
62	16	1	ALA	LEU	1	B	B	124 - 126	127 - 129
63	16	1	ALA	LEU	1	C	C	124 - 126	127 - 129
64	16	1	ALA	LEU	1	D	D	124 - 126	127 - 129
65	17	1	LEU	ASN	4	A	A	66 - 75	69 - 78
66	17	1	LEU	ASN	4	B	B	66 - 75	69 - 78
67	17	1	LEU	ASN	4	C	C	66 - 75	69 - 78
68	17	1	LEU	ASN	4	D	D	66 - 75	69 - 78
69	18	1	VAL	ALA	4	A	A	33 - 40	36 - 43
70	18	1	VAL	ALA	4	B	B	33 - 40	36 - 43
71	18	1	VAL	ALA	4	C	C	33 - 40	36 - 43
72	18	1	VAL	ALA	4	D	D	33 - 40	36 - 43
73	19	1	VAL	ALA	4	A	A	88 - 90	91 - 93
74	19	1	VAL	ALA	4	B	B	88 - 90	91 - 93
75	19	1	VAL	ALA	4	C	C	88 - 90	91 - 93
76	19	1	VAL	ALA	4	D	D	88 - 90	91 - 93
1	1	2	LEU	LEU	3	A	A	15	18
2	1	2	LEU	LEU	3	B	B	15	18
3	1	2	LEU	LEU	3	C	C	15	18
4	1	2	LEU	LEU	3	D	D	15	18
5	2	2	THR	THR	3	A	A	18	21
6	2	2	THR	THR	3	B	B	18	21
7	2	2	THR	THR	3	C	C	18	21
8	2	2	THR	THR	3	D	D	18	21
9	3	2	LYS	LYS	3	A	A	30	33
10	3	2	LYS	LYS	3	B	B	30	33
11	3	2	LYS	LYS	3	C	C	30	33
12	3	2	LYS	LYS	3	D	D	30	33
13	4	2	ARG	ARG	3	A	A	41	44
14	4	2	ARG	ARG	3	B	B	41	44
15	4	2	ARG	ARG	3	C	C	41	44
16	4	2	ARG	ARG	3	D	D	41	44
17	5	2	LYS	ARG	3	A	A	45 - 46	48 - 49
18	5	2	LYS	ARG	3	B	B	45 - 46	48 - 49
19	5	2	LYS	ARG	3	C	C	45 - 46	48 - 49
20	5	2	LYS	ARG	3	D	D	45 - 46	48 - 49
21	6	2	ARG	ARG	3	A	A	58	61
22	6	2	ARG	ARG	3	B	B	58	61
23	6	2	ARG	ARG	3	C	C	58	61
24	6	2	ARG	ARG	3	D	D	58	61
25	7	2	GLN	ARG	3	A	A	62 - 63	65 - 66
26	7	2	GLN	ARG	3	B	B	62 - 63	65 - 66
27	7	2	GLN	ARG	3	C	C	62 - 63	65 - 66
28	7	2	GLN	ARG	3	D	D	62 - 63	65 - 66
29	8	2	SER	SER	3	A	A	76	79
30	8	2	SER	SER	3	B	B	76	79
31	8	2	SER	SER	3	C	C	76	79
32	8	2	SER	SER	3	D	D	76	79
33	9	2	ILE	ILE	3	A	A	78	81
34	9	2	ILE	ILE	3	B	B	78	81
35	9	2	ILE	ILE	3	C	C	78	81
36	9	2	ILE	ILE	3	D	D	78	81
37	10	2	ASP	ASP	3	A	A	82	85
38	10	2	ASP	ASP	3	B	B	82	85
39	10	2	ASP	ASP	3	C	C	82	85
40	10	2	ASP	ASP	3	D	D	82	85
41	11	2	GLU	LYS	3	A	A	91 - 92	94 - 95
42	11	2	GLU	LYS	3	B	B	91 - 92	94 - 95
43	11	2	GLU	LYS	3	C	C	91 - 92	94 - 95
44	11	2	GLU	LYS	3	D	D	91 - 92	94 - 95
45	12	2	ARG	HIS	6	A	A	94 - 96	97 - 99
46	12	2	ARG	HIS	6	B	B	94 - 96	97 - 99
47	12	2	ARG	HIS	6	C	C	94 - 96	97 - 99
48	12	2	ARG	HIS	6	D	D	94 - 96	97 - 99
49	13	2	LYS	LYS	3	A	A	106	109
50	13	2	LYS	LYS	3	B	B	106	109
51	13	2	LYS	LYS	3	C	C	106	109
52	13	2	LYS	LYS	3	D	D	106	109
53	14	2	ARG	ARG	3	A	A	117	120
54	14	2	ARG	ARG	3	B	B	117	120
55	14	2	ARG	ARG	3	C	C	117	120
56	14	2	ARG	ARG	3	D	D	117	120
57	15	2	GLU	ARG	3	A	A	122 - 123	125 - 126
58	15	2	GLU	ARG	3	B	B	122 - 123	125 - 126
59	15	2	GLU	ARG	3	C	C	122 - 123	125 - 126
60	15	2	GLU	ARG	3	D	D	122 - 123	125 - 126
61	16	2	LEU	GLU	3	A	A	127 - 128	130 - 131
62	16	2	LEU	GLU	3	B	B	127 - 128	130 - 131
63	16	2	LEU	GLU	3	C	C	127 - 128	130 - 131
64	16	2	LEU	GLU	3	D	D	127 - 128	130 - 131
65	17	2	ASP	ASP	4	A	A	65	68
66	17	2	ASP	ASP	4	B	B	65	68
67	17	2	ASP	ASP	4	C	C	65	68
68	17	2	ASP	ASP	4	D	D	65	68
69	18	2	ARG	ARG	4	A	A	32	35
70	18	2	ARG	ARG	4	B	B	32	35
71	18	2	ARG	ARG	4	C	C	32	35
72	18	2	ARG	ARG	4	D	D	32	35
73	19	2	HIS	HIS	4	A	A	87	90
74	19	2	HIS	HIS	4	B	B	87	90
75	19	2	HIS	HIS	4	C	C	87	90
76	19	2	HIS	HIS	4	D	D	87	90

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Conserved protein with 2 CBS domains 分子量: 15310.862 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 株: IM2 / 遺伝子: PAE2072 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZVX8
#2: 化合物	ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン分子量: 132.905 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#3: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 7.8 詳細: PEG3350, Lithium Acetate, Cesium Chloride, pH 7.8, hanging drop vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月2日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→20 Å / Num. obs: 21965 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.35-2.43	2.7	0.373	1	99.6
2.43-2.53	2.6	0.507	1	98.5
2.53-2.65	2.7	0.222	1	98.6
2.65-2.79	2.6	0.171	1	97.6
2.79-2.96	2.6	0.117	1	96.8
2.96-3.19	2.6	0.085	1	94.5
3.19-3.51	2.5	0.089	1	92.1
3.51-4.01	2.5	0.058	1	90.3
4.01-5.04	2.4	0.047	1	86.4
5.04-20	2.4	0.037	1	84.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	19.67 Å
Translation	4 Å	19.67 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→18.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 21.539 / SU ML: 0.287 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.62 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29422	1118	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23935	-	-	-
obs	0.24218	20756	93.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.738 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→18.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3984	0	195	66	4245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	4234
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.137	2.051	5796
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.826	3.001	7023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.273	5	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.23	22.222	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.26	15	729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.341	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	728
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	4477
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.591	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.344	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.213	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.125	2	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.202	2	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.89	3	4264
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.111	2	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.825	3	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	856	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	2	B	856	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	3	C	856	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	4	D	856	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	1	A	214	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
1	2	B	214	MEDIUM POSITIONAL	0.16	0.5
1	3	C	214	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
1	4	D	214	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
1	1	A	856	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	2	B	856	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	3	C	856	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	4	D	856	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	1	A	214	MEDIUM THERMAL	0.66	2
1	2	B	214	MEDIUM THERMAL	0.67	2
1	3	C	214	MEDIUM THERMAL	0.69	2
1	4	D	214	MEDIUM THERMAL	0.66	2
2	1	A	120	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	2	B	120	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	3	C	120	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	4	D	120	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	1	A	52	MEDIUM POSITIONAL	0.41	0.5
2	2	B	52	MEDIUM POSITIONAL	0.58	0.5
2	3	C	52	MEDIUM POSITIONAL	0.59	0.5
2	4	D	52	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
2	1	A	270	LOOSE POSITIONAL	1.45	5
2	2	B	270	LOOSE POSITIONAL	1.27	5
2	3	C	270	LOOSE POSITIONAL	1.45	5
2	4	D	270	LOOSE POSITIONAL	1.62	5
2	1	A	120	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
2	2	B	120	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
2	3	C	120	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
2	4	D	120	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
2	1	A	52	MEDIUM THERMAL	0.45	2
2	2	B	52	MEDIUM THERMAL	0.72	2
2	3	C	52	MEDIUM THERMAL	0.62	2
2	4	D	52	MEDIUM THERMAL	0.76	2
2	1	A	270	LOOSE THERMAL	1.97	10
2	2	B	270	LOOSE THERMAL	2.76	10
2	3	C	270	LOOSE THERMAL	1.73	10
2	4	D	270	LOOSE THERMAL	1.8	10

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.421	76	-
R_work	0.296	1559	-
obs	-	-	99.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7536	0.5804	0.9393	3.9478	0.2226	2.8051	-0.2238	0.0801	0.5434	-0.0655	0.0206	-0.4375	-0.1973	0.2312	0.2032	-0.2748	-0.024	0.0028	0.0262	0.05	-0.025	21.3322	-1.4027	10.8044
2	2.1101	0.6501	1.11	1.1989	0.2794	6.4928	0.0547	-0.2564	0.1896	-0.1521	-0.2161	0.1623	0.3131	-0.2253	0.1614	-0.3606	0.0293	0.0761	0.1529	-0.0259	-0.1796	30.9706	-17.3143	22.7532
3	2.8127	0.1385	0.1994	3.4164	-1.749	3.6514	0.0265	-0.3247	-0.2758	-0.0676	0.0273	0.1199	0.3112	-0.3251	-0.0539	-0.2828	-0.1006	-0.0231	-0.0388	-0.0002	-0.1075	3.2278	-21.9529	20.0518
4	3.1158	-0.486	-1.244	2.9052	0.2044	5.9093	0.131	-0.5695	0.4693	0.0395	0.3151	0.0564	-0.1588	-0.3156	-0.4461	-0.3877	0.0357	-0.0193	0.1466	-0.105	-0.0053	-2.0432	-1.043	25.6401

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 131	5 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 130	5 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 129	5 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 131	5 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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