[日本語] English
万見
- PDB-2rhk: Crystal structure of influenza A NS1A protein in complex with F2F... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rhk
タイトルCrystal structure of influenza A NS1A protein in complex with F2F3 fragment of human cellular factor CPSF30, Northeast Structural Genomics Targets OR8C and HR6309A
要素
  • Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
  • Non-structural protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN/NUCLEAR PROTEIN / Influenza A / Nonstructural protein / viral protein: host complex / Zn finger / Alternative splicing / Cytoplasm / Host-virus interaction / Interferon antiviral system evasion / Nucleus / RNA-binding / Suppressor of RNA silencing / Metal-binding / mRNA processing / Zinc / Zinc-finger / METAL BINDING PROTEIN / VIRAL PROTEIN-METAL BINDING PROTEIN COMPLEX / VIRAL PROTEIN-NUCLEAR PROTEIN COMPLEX / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / tRNA processing in the nucleus / signaling receptor inhibitor activity / RNA Polymerase II Transcription Termination ...Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / tRNA processing in the nucleus / signaling receptor inhibitor activity / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / mRNA processing / sequence-specific double-stranded DNA binding / double-stranded RNA binding / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / host cell nucleus / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CCCH-type / CCCH zinc finger / Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) ...Zinc finger, CCCH-type / CCCH zinc finger / Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Few Secondary Structures / Irregular / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / S15/NS1, RNA-binding / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A Virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Das, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Radvansky, B. / Aramini, J. / Zhao, L. / Arnold, E. / Krug, R.M. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural basis for suppression of a host antiviral response by influenza A virus.
著者: Das, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Radvansky, B. / Aramini, J. / Zhao, L. / Marklund, J. / Kuo, R.L. / Twu, K.Y. / Arnold, E. / Krug, R.M. / Montelione, G.T.
履歴
登録2007年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1
C: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
D: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,76414
ポリマ－49,0704
非ポリマー69410
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
手法PISA
2
A: Non-structural protein 1
C: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
D: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
ヘテロ分子

A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1
D: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,80023
ポリマ－73,6066
非ポリマー1,19517
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4870 Å2
手法PISA
3
A: Non-structural protein 1
C: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
D: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,80013
ポリマ－33,1063
非ポリマー69410
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
手法PISA
4
A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1
D: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,00110
ポリマ－40,5003
非ポリマー5017
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.960, 50.960, 205.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1 / NS1A


分子量: 15964.370 Da / 分子数: 2 / 断片: NS1A effector domain (UNP residues 85-215) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A Virus (A型インフルエンザウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03495
#2: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 30 kDa subunit / CPSF 30 kDa subunit / NS1 effector ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 30 kDa subunit / CPSF 30 kDa subunit / NS1 effector domain-binding protein 1 / Neb-1 / No arches homolog / F2F3 Zinc-binding domains


分子量: 8570.844 Da / 分子数: 2 / 断片: F2F3 Zinc-binding domains (UNP residues 61-121) / Mutation: P94S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O95639

-
非ポリマー , 4種, 195分子

#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.5
詳細: 0.5 M KNO3, 10% sucroes, 0.1M sodium acitate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K, pH 5.50

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.98 / 波長: 0.9786, 0.9790, 0.9650
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月19日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
20.97861
30.9791
40.9651
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 37297 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 88.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1225055.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1159 3.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 37096 97.8 %-
all-37297 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.03 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.66 Å20 Å20 Å2
2--6.66 Å20 Å2
3----13.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2911 0 32 185 3128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 170 2.9 %
Rwork0.27 5620 -
obs--92 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4NO3.PARNO3.TOP
X-RAY DIFFRACTION5TRS.PARTRS.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る