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万見
- PDB-2rhf: D. radiodurans RecQ HRDC domain 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rhf
タイトルD. radiodurans RecQ HRDC domain 3
要素DNA helicase RecQ
キーワードHYDROLASE / HRDC / RecQ / helicase / D. radiodurans / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial nucleoid / SOS response / replisome / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / chromosome / DNA recombination / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity ...bacterial nucleoid / SOS response / replisome / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / chromosome / DNA recombination / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type, bacterial / HRDC domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain ...DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type, bacterial / HRDC domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / HRDC domain superfamily / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / DNA polymerase; domain 1 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA helicase RecQ
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Keck, J.L. / Killoran, M.P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Structure and function of the regulatory C-terminal HRDC domain from Deinococcus radiodurans RecQ.
著者: Killoran, M.P. / Keck, J.L.
履歴
登録2007年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA helicase RecQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5812
ポリマ－8,4861
非ポリマー951
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.978, 49.978, 83.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-946-

HOH

詳細Athours state that the biological molecule is unknown.

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要素

#1: タンパク質 DNA helicase RecQ


分子量: 8486.380 Da / 分子数: 1 / 断片: D. radiodurans HRDC domain 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: recQ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9RUU2
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.01 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1.8 M Na-K Phosphate pH 4.0, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9999, 0.9797
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月26日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.99991
20.97971
反射解像度: 1.1→83.6 Å / Num. all: 42318 / Num. obs: 40879 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.067
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.419 / % possible all: 78.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 0.76 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19399 2061 5 %RANDOM
Rwork0.17715 ---
obs0.17798 38922 96.93 %-
all-42294 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.709 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数588 0 5 171 764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2261.988818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.427575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.87323.33330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73215106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.587157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3880.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0890.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2531.5387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7742600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4443236
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4064.5218
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.423623
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.6193171
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.8013599
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.128 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 66 -
Rwork0.319 1638 -
obs--75.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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