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- PDB-2rgt: Crystal Structure of Lhx3 LIM domains 1 and 2 with the binding do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rgt
タイトルCrystal Structure of Lhx3 LIM domains 1 and 2 with the binding domain of Isl1
要素Fusion of LIM/homeobox protein Lhx3, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / protein-protein complex / LIM domain / Zn finger / Activator / DNA-binding / Homeobox / Metal-binding / Nucleus / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory system development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor production / sinoatrial node cell development / prolactin secreting cell differentiation / trigeminal nerve development / peripheral nervous system neuron axonogenesis / somatotropin secreting cell differentiation / visceral motor neuron differentiation / medial motor column neuron differentiation / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production ...sensory system development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor production / sinoatrial node cell development / prolactin secreting cell differentiation / trigeminal nerve development / peripheral nervous system neuron axonogenesis / somatotropin secreting cell differentiation / visceral motor neuron differentiation / medial motor column neuron differentiation / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / ventral spinal cord interneuron specification / spinal cord motor neuron cell fate specification / spinal cord association neuron differentiation / peripheral nervous system neuron development / cardiac cell fate determination / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis / secondary heart field specification / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / atrial septum morphogenesis / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / neuron fate specification / bHLH transcription factor binding / pituitary gland development / spinal cord motor neuron differentiation / positive regulation of interleukin-1 alpha production / LIM domain binding / mesenchymal cell differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / neuron fate commitment / cardiac muscle cell myoblast differentiation / pharyngeal system development / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of smoothened signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / pancreas development / motor neuron axon guidance / retinal ganglion cell axon guidance / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / innervation / neural crest cell migration / axon regeneration / endocardial cushion morphogenesis / cellular response to glucocorticoid stimulus / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of calcium ion import / regulation of heart rate by cardiac conduction / inner ear development / outflow tract morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart morphogenesis / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of interleukin-12 production / lung development / placenta development / positive regulation of interleukin-1 beta production / nuclear estrogen receptor binding / transcription coregulator binding / positive regulation of cell differentiation / stem cell differentiation / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / positive regulation of interleukin-6 production / negative regulation of inflammatory response / transcription coactivator binding / positive regulation of type II interferon production / neuron differentiation / positive regulation of angiogenesis / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / regulation of gene expression / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / cell population proliferation / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / : / Cysteine Rich Protein / Cysteine Rich Protein / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. ...: / : / : / : / : / Cysteine Rich Protein / Cysteine Rich Protein / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LIM/homeobox protein Lhx3 / Insulin gene enhancer protein ISL-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Bhati, M. / Lee, M. / Guss, J.M. / Matthews, J.M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Implementing the LIM code: the structural basis for cell type-specific assembly of LIM-homeodomain complexes.
著者: Bhati, M. / Lee, C. / Nancarrow, A.L. / Lee, M. / Craig, V.J. / Bach, I. / Guss, J.M. / Mackay, J.P. / Matthews, J.M.
履歴
登録2007年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion of LIM/homeobox protein Lhx3, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-1
B: Fusion of LIM/homeobox protein Lhx3, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,73010
ポリマ－37,2062
非ポリマー5238
水86548
1
A: Fusion of LIM/homeobox protein Lhx3, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-1
ヘテロ分子

A: Fusion of LIM/homeobox protein Lhx3, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,73010
ポリマ－37,2062
非ポリマー5238
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17790 Å2
手法PISA
2
B: Fusion of LIM/homeobox protein Lhx3, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8655
ポリマ－18,6031
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.494, 62.218, 51.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.610, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Fusion of LIM/homeobox protein Lhx3, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-1 / LIM homeobox protein 3 / Homeobox protein LIM-3 / Homeobox protein P-LIM / Islet-1


分子量: 18603.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion of Lhx3 residues 28-153 to Isl1 residues 262-291 via a glycine rich linker with sequence GGSGGHMGSGG
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) synthetic construct (人工物)
プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50481, UniProt: P61372
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FUSION OF LHX3 RESIDUES 28-153 TO ISL1 RESIDUES 262-291 VIA A GLYCINE RICH LINKER WITH SEQUENCE ...FUSION OF LHX3 RESIDUES 28-153 TO ISL1 RESIDUES 262-291 VIA A GLYCINE RICH LINKER WITH SEQUENCE GGSGGSGGSGG. RESIDUE NUMBERS 165-261 ARE SIMPLY SKIPPED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.53 % / Mosaicity: 1.036 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: 1.0M tri-sodium citrate, 0.1M Tris, HCl pH 7.25, Vapour diffusion, Hanging drop, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.05→59.76 Å / Num. obs: 23120 / % possible obs: 96.4 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.120.38818551.048178.8
2.12-2.210.40521831.061191
2.21-2.310.28522971.053196.3
2.31-2.430.23623511.035199.2
2.43-2.580.18923991.068199.8
2.58-2.780.14123851.0591100
2.78-3.060.09224081.0791100
3.06-3.50.05223890.997199.9
3.5-4.410.02924011.088199.4
4.41-400.02424521.057199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化解像度: 2.05→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.983 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1188 5.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.214 23109 96.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å20 Å2-1.34 Å2
2--4.26 Å20 Å2
3----2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 8 48 2425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0212417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9191.9453257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8615298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.22323.13115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.92315406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1981519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021851
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21585
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.287
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0730.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0831.51544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72922407
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.553982
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5984.5850
LS精密化 シェル解像度: 2.052→2.105 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 78 -
Rwork0.287 1275 -
all-1353 -
obs--78.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.34990.89561.96140.71260.9352.7448-0.08520.1058-0.18250.09070.09150.10280.342-0.0437-0.00630.0212-0.07490.0503-0.0450.0419-0.0621-7.221343.909210.2896
22.44211.7522.58281.2571.8532.7317-0.1974-0.26490.3081-0.2339-0.12480.1557-0.2835-0.06940.3222-0.0029-0.0292-0.04990.0704-0.03860.046816.267272.688712.9164
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA32 - 1537 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2BB26 - 1521 - 127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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