PDB-2rgo: Structure of Alpha-Glycerophosphate Oxidase from Streptococcus sp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rgo

タイトル

Structure of Alpha-Glycerophosphate Oxidase from Streptococcus sp.: A Template for the Mitochondrial Alpha-Glycerophosphate Dehydrogenase

要素

Alpha-Glycerophosphate Oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN OXIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol-3-phosphate oxidase activity / glycerol-3-phosphate oxidase / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (quinone) activity / glycerol-3-phosphate catabolic process / glycerol metabolic process / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Colussi, T. / Boles, W. / Mallett, T.C. / Karplus, P.A. / Claiborne, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structure of alpha-glycerophosphate oxidase from Streptococcus sp.: a template for the mitochondrial alpha-glycerophosphate dehydrogenase.
著者: Colussi, T. / Parsonage, D. / Boles, W. / Matsuoka, T. / Mallett, T.C. / Karplus, P.A. / Claiborne, A.

履歴

登録	2007年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rgo.cif.gz	444.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rgo.ent.gz	368.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rgo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2rgo_validation.pdf.gz	950.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rgo_full_validation.pdf.gz	985.2 KB	表示
XML形式データ	2rgo_validation.xml.gz	45.4 KB	表示
CIF形式データ	2rgo_validation.cif.gz	62.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/2rgo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/2rgo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2rghSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ahb-2 5j6g-d 3kfc-d 4wnq-d 1p4l-1 3bix-2 5vcc-1 3bl8-1 4aqd-1 5i61-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-Glycerophosphate Oxidase

B: Alpha-Glycerophosphate Oxidase

ヘテロ分子

137 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Alpha-Glycerophosphate Oxidase

ヘテロ分子

B: Alpha-Glycerophosphate Oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
137 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Alpha-Glycerophosphate Oxidase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Alpha-Glycerophosphate Oxidase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.363, 106.785, 58.887
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The asymmetric unit contains 2 monomers. The biological dimer can be generated using the 2-fold symmetry operator -x, y+1/2, -z.

#1: タンパク質	Alpha-Glycerophosphate Oxidase / E.C.1.1.3.21 / FAD dependent oxidoreductase 分子量: 67655.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus sp. (バクテリア) / 遺伝子: glpO / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: D0VWP7*PLUS, glycerol-3-phosphate oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 1000, Tris, magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9296 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9296 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→28.89 Å / Num. obs: 54822 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / R_merge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 8692

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2RGH

2rgh

解像度: 2.4→12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 13.732 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.4 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24708	2938	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23759	-	-	-
all	0.23808	-	-	-
obs	0.23808	54822	94.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.886 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8524	0	106	232	8862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	8782
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.675	2.002	11879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.101	5	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.125	24.7	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.517	15	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.634	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.276	0.2	3667
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.328	0.2	6017
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.291	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.201	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.457	1.5	5381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.539	2	8657
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.173	3	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.237	4.5	3222

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	200	-
R_work	0.352	4063	-
obs	-	4063	97.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5846	-0.1951	0.1984	0.3959	0.355	0.6038	-0.0077	-0.0421	-0.1771	0.1103	-0.0176	0.1103	0.0686	0.0554	0.0254	0.0843	0.0238	0.0708	0.1129	0.0357	0.0848	-8.333	-40.8993	-19.8359
2	1.5464	-0.7183	0.2942	1.1584	-0.168	0.1853	-0.0005	-0.0632	-0.0563	0.0238	-0.0185	0.2316	-0.0239	-0.0223	0.0191	0.067	0.0698	0.0753	0.1667	0.0148	0.0169	-23.3488	-18.7666	-21.2372
3	1.3888	0.0706	0.1869	3.912	-0.5585	0.833	-0.1818	-0.1282	0.1861	0.1382	0.1486	0.3897	-0.1418	-0.0021	0.0332	0.0411	0.093	0.0824	0.1796	0.0123	-0.0136	-23.5797	-3.6174	-20.2577
4	4.541	2.1927	-0.4746	9.8273	-4.9731	3.9827	-0.1505	-0.168	0.5929	0.5728	0.0319	-0.1608	-0.1666	0.1001	0.1187	0.0551	0.064	0.0628	0.0924	-0.0666	-0.0252	-13.7537	2.7621	-18.1576
5	0.6729	-0.7069	-0.0754	1.6957	0.4183	0.6607	0.0365	-0.0404	-0.2293	-0.023	0.0169	0.1693	0.0543	0.011	-0.0534	0.0816	0.0016	0.0258	0.0809	0.0126	0.0681	-7.057	-42.6624	-25.5024
6	0.9305	-0.2414	0.3753	2.2832	0.342	0.2383	0.0144	0.1	0.0243	-0.1184	0.003	-0.0317	-0.0424	0.1055	-0.0174	0.0988	0.0081	0.0505	0.1485	0.0328	-0.0395	-3.4922	-14.9549	-28.9944
7	0.9893	-0.7237	-0.6789	1.8214	0.4869	0.4811	0.0443	0.0957	-0.3054	-0.0832	-0.0849	0.5818	-0.1102	-0.2083	0.0406	0.0091	0.0002	0.0241	0.139	0.0117	0.1175	-21.5049	-35.406	-24.5756
8	4.7663	-2.1476	1.4751	1.1511	0.199	4.5231	-0.3569	-0.348	-0.079	0.3682	0.2552	0.192	0.1031	-0.045	0.1017	0.2376	0.0592	0.1193	0.2716	0.0611	-0.19	-7.0063	-25.9277	2.718
9	1.6194	0.2052	-0.2322	1.2839	0.0905	0.8229	-0.1489	-0.2814	-0.0768	0.182	0.0756	-0.0737	-0.0532	0.1341	0.0733	0.1217	0.0633	-0.0047	0.2062	0.0386	-0.0582	5.8018	-28.2507	-8.3811
10	1.1011	-0.9494	0.8139	10.2268	-5.7261	3.2848	0.0739	0.01	0.0502	-0.1967	-0.2715	-0.56	0.0658	0.3893	0.1976	0.0225	0.0605	0.0571	0.1772	0.0314	0.0451	13.6874	-29.9442	-18.8117
11	0.8287	1.3505	0.466	2.8458	1.7053	1.6493	-0.4085	0.41	0.0324	-0.2189	0.599	0.2937	-0.3502	0.3837	-0.1905	0.0429	-0.2295	-0.2348	0.0137	0.0758	0.3459	-64.3202	-28.8028	-16.8728
12	2.4829	1.7421	2.3303	3.0427	1.3797	2.223	0.0087	0.5301	-0.474	0.2028	0.3972	-0.4682	-0.0309	0.2259	-0.4059	-0.1199	-0.0751	0.0002	0.1497	-0.1658	0.1996	-73.3863	-60.4314	-26.6481
13	1.7788	1.7687	1.2142	3.4914	1.4757	1.4264	-0.2882	0.2911	0.1136	0.0652	0.3779	-0.4372	-0.1926	0.2974	-0.0897	-0.1171	-0.1051	-0.1072	-0.0451	0.006	0.2375	-65.887	-35.8535	-14.4585
14	1.4403	1.5136	0.9132	2.4951	0.5832	0.7357	-0.0742	-0.2029	0.0957	-0.0037	0.0454	0.3425	-0.2454	0.0818	0.0287	0.0608	0.002	-0.1648	-0.0653	-0.011	0.2764	-72.8674	-37.8207	-7.6081
15	2.4083	-0.4816	1.4027	4.2893	0.7221	1.8899	0.2156	0.007	-0.4394	0.5601	0.1392	-0.3824	0.1581	-0.0772	-0.3547	0.0128	-0.0371	-0.2548	-0.0795	0.0189	0.3032	-68.1327	-56.6805	-6.0431
16	3.6099	-4.0276	3.3427	4.4936	-3.7295	3.0953	1.2261	-2.0042	-0.5708	-2.0006	-0.0174	2.2102	2.064	-1.103	-1.2087	0.4515	-0.0007	0.0068	0.4554	0.0012	0.4503	-81.762	-48.4718	-12.8404
17	1.2448	1.3861	1.3042	4.2836	1.0305	4.0481	-0.7956	0.2514	0.384	-0.2932	0.4071	0.5244	-0.2581	0.025	0.3885	0.0381	-0.1603	-0.3155	-0.023	0.0933	0.3843	-79.6249	-30.2657	-21.209
18	2.0707	0.8643	1.6938	2.7227	1.1944	2.8018	-0.4439	1.1634	-0.1388	-0.6724	0.6014	-0.7726	-0.5178	0.993	-0.1575	-0.1712	-0.4326	0.1283	0.2842	-0.0266	0.2624	-53.7972	-37.1426	-26.0491
19	1.8634	-0.5008	0.3047	7.863	-4.8499	3.6131	-0.2506	0.4317	-0.3367	0.2456	0.454	-1.0302	-0.2186	0.4969	-0.2034	-0.2351	-0.1747	-0.2791	0.096	-0.2147	0.6296	-49.7	-41.6971	-10.5481
20	9.3148	12.5958	-2.7376	17.1457	-3.2788	2.3866	0.5206	-0.0219	-1.1248	1.2809	0.0739	-1.4616	-0.0482	0.5264	-0.5946	-0.1223	-0.0516	-0.5469	0.0416	-0.2063	0.7825	-49.9498	-39.1619	0.6723

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 66	1 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	67 - 99	67 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	100 - 145	100 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	146 - 168	146 - 168
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	169 - 241	169 - 241
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	242 - 351	242 - 351
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	352 - 475	352 - 475
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	476 - 517	476 - 517
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	519 - 572	519 - 572
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	573 - 605	573 - 605
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	1 - 67	1 - 67
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	68 - 152	68 - 152
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	153 - 223	153 - 223
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	224 - 269	224 - 269
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	270 - 349	270 - 349
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	350 - 360	350 - 360
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	409 - 450	409 - 450
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	451 - 533	451 - 533
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	534 - 569	534 - 569
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	570 - 607	570 - 607

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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