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- PDB-2rfz: Crystal structure of cellobiohydrolase from Melanocarpus albomyce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rfz
タイトルCrystal structure of cellobiohydrolase from Melanocarpus albomyces complexed with cellotriose
要素Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase
キーワードHYDROLASE / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-cellotriose / Glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Melanocarpus albomyces (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Parkkinen, T. / Koivula, A. / Vehmaanper, J. / Rouvinen, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of Melanocarpus albomyces cellobiohydrolase Cel7B in complex with cello-oligomers show high flexibility in the substrate binding
著者: Parkkinen, T. / Koivula, A. / Rouvinen, J.
履歴
登録2007年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22018年8月1日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn_source / entity
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_mutation
改定 1.32018年8月15日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase
B: Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase
C: Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase
D: Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,31610
ポリマ－190,2894
非ポリマー3,0276
水15,547863
1
A: Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5813
ポリマ－47,5721
非ポリマー1,0092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0772
ポリマ－47,5721
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5813
ポリマ－47,5721
非ポリマー1,0092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0772
ポリマ－47,5721
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.800, 94.370, 189.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase


分子量: 47572.230 Da / 分子数: 4 / 変異: Q1(PCA) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Melanocarpus albomyces (菌類) / 発現宿主: Trichoderma reesei (菌類)
参照: UniProt: Q8J0K6, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 多糖
beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-cellotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-cellotriose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG4000, 0.1M calcium chloride, 0.1M cacodylate, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8162 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8162 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 161992 / Num. obs: 161992 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20 Å / Num. parameters: 57600 / Num. restraintsaints: 57045 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: Used twin operator h, -k, -l
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 8096 5.3 %THIN RESOLUTION SHELLS
obs0.261 153834 92.8 %-
all-153834 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
原子変位パラメータBiso mean: 25.873 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13332 0 204 863 14399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.114
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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