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万見
- PDB-2reu: Crystal Structure of the C-terminal of Sau3AI fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2reu
タイトルCrystal Structure of the C-terminal of Sau3AI fragment
要素Type II restriction enzyme Sau3AI
キーワードHYDROLASE / helix / beta / random coil / Endonuclease / Magnesium / Nuclease / Restriction system
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair MutH/Type II restriction enzyme Sau3AI / DNA mismatch repair enzyme MutH / DNA mismatch repair enzyme MutH / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / Restriction endonuclease type II-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II restriction enzyme Sau3AI
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hu, X. / Yu, F. / Xu, C. / He, J.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: Crystal structure and function of C-terminal Sau3AI domain
著者: Xu, C.Y. / Yu, F. / Xu, S.J. / Ding, Y. / Sun, L.H. / Tang, L. / Hu, X.J. / Zhang, Z.H. / He, J.H.
履歴
登録2007年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II restriction enzyme Sau3AI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4182
ポリマ－30,3931
非ポリマー241
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.789, 122.009, 34.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Type II restriction enzyme Sau3AI / Endonuclease Sau3AI / R.Sau3AI


分子量: 30393.297 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sau3AIR / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta plysS
参照: UniProt: P16667, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% iso-propanol, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9789, 0.97945, 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.979451
30.91
ReflectionAv σ(I) over netI: 10 / 数: 302170 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.03 / D res high: 1.9 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 25678 / % possible obs: 96.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
1.91.9777.110.4330.326
1.972.0594.110.3530.305
2.052.1498.310.2810.368
2.142.2598.210.2220.419
2.252.3998.710.170.485
2.392.5898.910.140.577
2.582.8499.210.0990.799
2.843.2599.610.071.138
3.254.0999.910.0511.691
4.093099.810.0472.766
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 25678 / % possible obs: 96.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.970.43320150.326177.1
1.97-2.050.35324730.305194.1
2.05-2.140.28125430.368198.3
2.14-2.250.22225800.419198.2
2.25-2.390.1725960.485198.7
2.39-2.580.1426090.577198.9
2.58-2.840.09926300.799199.2
2.84-3.250.0726591.138199.6
3.25-4.090.05127111.691199.9
4.09-300.04728622.766199.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97942.61-10.43
13 wavelength20.97895.76-5.41
13 wavelength30.93.67-1.05
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se21.3720.2470.1750.231.072
2Se22.1060.6960.2670.1160.997
3Se21.9970.6760.2020.2540.839
4Se30.7860.7590.1570.0750.798

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→28.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.146 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1276 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 25634 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.739 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.15 Å20 Å20 Å2
2--1.61 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1961 0 1 225 2187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0311.9383121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8835307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60625.588136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.92915448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4591511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.31023
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.51532
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2310.5328
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2560.528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.82421331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30432134
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.71221085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0263949
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 65 -
Rwork0.294 1348 -
all-1413 -
obs--72.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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