[日本語] English
万見
- PDB-2rel: SOLUTION STRUCTURE OF R-ELAFIN, A SPECIFIC INHIBITOR OF ELASTASE,... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rel
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF R-ELAFIN, A SPECIFIC INHIBITOR OF ELASTASE, NMR, 11 STRUCTURES
要素R-ELAFIN
キーワードSERINE PROTEASE INHIBITOR / R-ELAFIN / ELASTASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of skin epidermis / copulation / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / Antimicrobial peptides / endopeptidase inhibitor activity / extracellular matrix / serine-type endopeptidase inhibitor activity / antibacterial humoral response ...structural constituent of skin epidermis / copulation / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / Antimicrobial peptides / endopeptidase inhibitor activity / extracellular matrix / serine-type endopeptidase inhibitor activity / antibacterial humoral response / innate immune response / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Seminal vesicle protein I / Trappin protein transglutaminase-binding repeat / Trappin protein transglutaminase binding domain / Seminal vesicle protein I repeats signature. / Elafin-like / R-elafin / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. ...Seminal vesicle protein I / Trappin protein transglutaminase-binding repeat / Trappin protein transglutaminase binding domain / Seminal vesicle protein I repeats signature. / Elafin-like / R-elafin / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. / Four-disulfide core domains / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Francart, C. / Dauchez, M. / Alix, A.J.P. / Lippens, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of R-elafin, a specific inhibitor of elastase.
著者: Francart, C. / Dauchez, M. / Alix, A.J. / Lippens, G.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1992
タイトル: Synthesis and Structure-Activity Relationships of Elafin, an Elastase-Specific Inhibitor
著者: Tsunemi, M. / Kato, H. / Nishiuchi, Y. / Kumagaye, S. / Sakakibara, S.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Erratum. Elafin: An Elastase-Specific Inhibitor of Human Skin. Purification, Characterization, and Complete Amino Acid Sequence
著者: Wiedow, O. / Schroder, J.M. / Gregory, H. / Young, J.A. / Christophers, E.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Elafin: An Elastase-Specific Inhibitor of Human Skin. Purification, Characterization, and Complete Amino Acid Sequence
著者: Wiedow, O. / Schroder, J.M. / Gregory, H. / Young, J.A. / Christophers, E.
履歴
登録1997年4月1日処理サイト: BNL
置き換え1997年7月7日ID: 1REL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf
Item: _pdbx_database_status.process_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: R-ELAFIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0141
ポリマ－6,0141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 200NOE AND DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS, ENERGY
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 R-ELAFIN


分子量: 6014.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: THE POLYPEPTIDE MAY BE OBTAINED BY EXPRESSION USING PLASMIDIC EXPRESSION SYSTEMS IN HOSTS SUCH AS ESCHERICHIA COLI AND YEAST, THE POLYPEPTIDE BEING ALSO OBTAINABLE FROM PSORIATIC PLAQUES. ...解説: THE POLYPEPTIDE MAY BE OBTAINED BY EXPRESSION USING PLASMIDIC EXPRESSION SYSTEMS IN HOSTS SUCH AS ESCHERICHIA COLI AND YEAST, THE POLYPEPTIDE BEING ALSO OBTAINABLE FROM PSORIATIC PLAQUES. PATENT NUMBER 5,464,822 DATE OF PATENT NOV. 7, 1995 BY CHRISTOPHERS E., WIEDOW O., SCHRODER J.M. THE PROTEIN WAS PROVIDED BY ZENECA PHARMACEUTICALS.
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19957

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121NOESY
131DQFCOSY
1411H-13C HSQC
1511H-13C HSQC-TOCSY
1611H-13C HSQC-NOESY

-
試料調製

試料状態pH: 7.0 / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX 600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX 600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NOE AND DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS, ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 11

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る