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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rci | ||||||
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タイトル | High-resolution crystal structure of activated Cyt2Ba monomer from Bacillus thuringiensis subsp. israelensis | ||||||
![]() | Type-2Ba cytolytic delta-endotoxin | ||||||
![]() | TOXIN / alpha/beta architecture with beta-sheet surrounded by two alpha-helix layers / Structural Genomics / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Plasmid / Sporulation | ||||||
機能・相同性 | ![]() sporulation resulting in formation of a cellular spore / : / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dym, O. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution crystal structure of activated Cyt2Ba monomer from Bacillus thuringiensis subsp. israelensis. 著者: Cohen, S. / Dym, O. / Albeck, S. / Ben-Dov, E. / Cahan, R. / Firer, M. / Zaritsky, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1cbyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22973.137 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 35-238 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 4Q2, T301 / 遺伝子: cyt2Ba1, cyt2Ba7, cytB / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 1M Na/K Tartrate, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 0.2M Li2SO4, MICROBATCH, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 16805 / Num. obs: 16805 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 16.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1CBY 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.409 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.831 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
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