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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rb6 | ||||||
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タイトル | X-Ray structure of the protein Q8EI81. Northeast Structural Genomics Consortium target SoR78A | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
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機能・相同性 | Protein of unknown function DUF903 / ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Vorobiev, S.M. / Wang, H. / Mao, L. / Cunningham, K. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Vorobiev, S.M. / Wang, H. / Mao, L. / Cunningham, K. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-Ray structure of the protein Q8EI81. 著者: Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Vorobiev, S.M. / Wang, H. / Mao, L. / Cunningham, K. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 32.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7512.694 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 25-76 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MR-1 / 遺伝子: SO_0963 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6 詳細: 0.1M NaNO3, 0.1M MES, 20% PEG 4000, pH 6.0, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 14617 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 50.5 % / Biso Wilson estimate: 48.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: The Friedel pairs were used in phasing. Bulk solvent model was used in refinement
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.8393 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.06 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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