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- PDB-2raa: Crystal structure of pyruvate oxidoreductase subunit PORC (EC 1.2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2raa
タイトルCrystal structure of pyruvate oxidoreductase subunit PORC (EC 1.2.7.1) (TM0015) from Thermotoga maritima at 2.12 A resolution
要素Pyruvate synthase subunit porC
キーワードOXIDOREDUCTASE / TM0015 / Pyruvate oxidoreductase subunit PORC (EC 1.2.7.1) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate synthase (ferredoxin) / pyruvate synthase activity
類似検索 - 分子機能
2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, gamma subunit, pyruvate/2-ketoisovalerate / : / : / Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 3 / Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, central domain / Pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase, catalytic domain / Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate synthase subunit PorC
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of pyruvate oxidoreductase subunit PORC (EC 1.2.7.1) (TM0015) from Thermotoga maritima at 2.12 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate synthase subunit porC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2353
ポリマ－23,0431
非ポリマー1922
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.252, 57.252, 147.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Pyruvate synthase subunit porC / Pyruvate oxidoreductase gamma chain / POR / Pyruvic-ferredoxin oxidoreductase subunit gamma


分子量: 23042.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
生物種: Thermotoga maritima / 株: MSB8, DSM 3109, JCM 10099 / 遺伝子: TM0015, porC, porG / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: O05650, pyruvate synthase (ferredoxin)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.6252.99TWO CRYSTALS WERE USED FOR THE SOLUTION OF THIS STRUCTURE. A 2.35 ANGSTROM MAD DATA COLLECTED FROM ONE CRYSTAL WAS USED TO PHASE AND TRACE AN INITIAL MODEL. THE MODEL WAS THEN REFINED USING THE AMPLITUDES FROM A SECOND CRYSTAL THAT DIFFRACTED TO 2.12 ANGSTROM.
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法4NANODROP, 0.8M Ammonium sulfate, 0.1M Citrate pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法3.93NANODROP, 0.86M Ammonium sulfate, 0.1M Citrate pH 3.93, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.211
シンクロトロンSSRL BL11-120.91837, 0.97925, 0.97895
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年8月30日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2007年6月3日Flat mirror (vertical focusing)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1KOHZU: Double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.918371
30.979251
40.978951
反射解像度: 2.12→45.175 Å / Num. obs: 14544 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 56.283 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 16.76
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.12-2.20.612.3515514801,299.7
2.2-2.280.4853439512771,299.3
2.28-2.390.3564525815271,299.8
2.39-2.510.2755.1468913641,2100
2.51-2.670.2037.1496714481,299.4
2.67-2.880.39511788314841,299.6
2.88-3.160.28516.9969013931,299.1
3.16-3.620.10427.91014414821,299.1
3.62-4.550.04439.5990914871,298.8
4.55-45.1750.02945.8976916021,296.7

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.12→45.175 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 15.077 / SU ML: 0.172 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.173
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. SO4 IONS FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED. 5. THE FOLLOWING LOOPS HAVE POOR OR NO DENSITY: 5-7, 43-50, 62-69, 165-169. THUS, THE MODEL IN THESE REGIONS IS NOT RELIABLE. N-TERMINUS AS WELL AS PURIFICATION TAG ARE DISORDERED. 6. A FEW NON-WATER DENSITY BLOBS OUTSIDE THE PROTEIN ARE LEFT UNINTERPRETED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 699 4.8 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.217 14517 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.003 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.79 Å20 Å20 Å2
2--1.79 Å20 Å2
3----3.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→45.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1349 0 10 27 1386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.691.9761898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97132322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0935180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.02623.8163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.3615236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4751512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.2972
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.2675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4093929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5153365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.53751422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9658547
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.74811473
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 57 -
Rwork0.312 964 -
all-1021 -
obs--99.71 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.2125 Å / Origin y: 18.0783 Å / Origin z: 57.1044 Å
111213212223313233
T-0.2013 Å20.0181 Å20.025 Å2-0.0018 Å2-0.0178 Å2---0.0102 Å2
L1.9677 °21.1244 °21.965 °2-2.2797 °21.9853 °2--4.4504 °2
S0.0767 Å °0.3603 Å °-0.1098 Å °0.0063 Å °0.176 Å °0.0019 Å °-0.1645 Å °0.1088 Å °-0.2527 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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