PDB-1imj: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CCG1/TAFII250-INTERACTING FACTOR B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1imj

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CCG1/TAFII250-INTERACTING FACTOR B (CIB)

要素

CCG1-INTERACTING FACTOR B

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta Hydrolase / CCG1 interactor

機能・相同性

機能・相同性情報

Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / protein-lysine-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / hydrolase activity / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Padmanabhan, B. / Kuzuhara, T. / Horikoshi, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The crystal structure of CCG1/TAF(II)250-interacting factor B (CIB)
著者: Padmanabhan, B. / Kuzuhara, T. / Adachi, N. / Horikoshi, M.

履歴

登録	2001年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1imj.cif.gz	54.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1imj.ent.gz	39.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1imj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/1imj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/1imj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2raa-d 6ynk-1 4oy8-d 5zab-3 4gbo-2 6t0d-2 5zab-14 4jwh-2 1p89-d 1z6n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CCG1-INTERACTING FACTOR B

ヘテロ分子

22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.704, 44.445, 43.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	CCG1-INTERACTING FACTOR B / CIB 分子量: 22365.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96IU4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.66 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.45-1.55M AMMONIUM SULFATE, 12MM UREA, 70MM TRIS-HCL, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

温度: 278 K / pH: 7.5
詳細: Padmanabhan, B., (2000) Acta Crystallogr, D56, 1479.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	5 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM	Tris-HCl	1	drop
3	150 mM		1	drop	NaCl
4	10 mM	beta-mercaptoethanol	1	drop
5	1.55 M	ammonium sulfate	1	reservoir
6	12 mM	urea	1	reservoir
7	80 mM	Tris-HCl	1	reservoir		pH7.5
8	5 %	glycerol	1	reservoir

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	293	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-18B	1	1
シンクロトロン	Photon Factory	BL-6A	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器
ADSC QUANTUM 4	1	CCD
FUJI	2	IMAGE PLATE

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 47199 / Num. obs: 10809 / % possible obs: 94 % / B_iso Wilson estimate: 11.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.039

反射シェル

解像度: 2.2→2.3 Å / R_merge(I) obs: 0.105 / % possible all: 88.6

反射

*PLUS

最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 47199

反射シェル

*PLUS

Mean I/σ(I) obs: 9.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.2→29.96 Å / R_factor R_free error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1317906.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	568	5.3 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.189	10801	94 %	-
all	-	10801	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 31.1765 Å² / k_sol: 0.325494 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.53 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.31 Å	0.24 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.26 Å	0.17 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1559	0	5	192	1756

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.06
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.22	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.85	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.01	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.03	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.34 Å / R_factor R_free error: 0.031 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	72	4.3 %
R_work	0.193	1592	-
obs	-	-	89.4 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	24
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.06

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor obs: 0.193

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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