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- PDB-2r8y: Crystal structure of YrbI phosphatase from Escherichia coli in a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r8y
タイトルCrystal structure of YrbI phosphatase from Escherichia coli in a complex with Ca
要素YrbI from Escherichia coli
キーワードHYDROLASE / YrbI / phosphatase / divalent metal / ca / HAD superfamily / KDO8-P
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / : / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Tsodikov, O.V. / Aggarwal, P. / Rubin, J.R. / Stuckey, J.A. / Woodard, R.W. / Biswas, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Tail of KdsC: CONFORMATIONAL CHANGES CONTROL THE ACTIVITY OF A HALOACID DEHALOGENASE SUPERFAMILY PHOSPHATASE.
著者: Biswas, T. / Yi, L. / Aggarwal, P. / Wu, J. / Rubin, J.R. / Stuckey, J.A. / Woodard, R.W. / Tsodikov, O.V.
履歴
登録2007年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YrbI from Escherichia coli
B: YrbI from Escherichia coli
C: YrbI from Escherichia coli
D: YrbI from Escherichia coli
E: YrbI from Escherichia coli
F: YrbI from Escherichia coli
G: YrbI from Escherichia coli
H: YrbI from Escherichia coli
I: YrbI from Escherichia coli
J: YrbI from Escherichia coli
K: YrbI from Escherichia coli
L: YrbI from Escherichia coli
M: YrbI from Escherichia coli
N: YrbI from Escherichia coli
O: YrbI from Escherichia coli
P: YrbI from Escherichia coli
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,78648
ポリマ－320,57816
非ポリマー1,20832
水17,745985
1
A: YrbI from Escherichia coli
B: YrbI from Escherichia coli
C: YrbI from Escherichia coli
D: YrbI from Escherichia coli
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,44712
ポリマ－80,1444
非ポリマー3028
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10130 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
2
E: YrbI from Escherichia coli
F: YrbI from Escherichia coli
G: YrbI from Escherichia coli
H: YrbI from Escherichia coli
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,44712
ポリマ－80,1444
非ポリマー3028
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9810 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area24060 Å2
手法PISA
3
I: YrbI from Escherichia coli
J: YrbI from Escherichia coli
K: YrbI from Escherichia coli
L: YrbI from Escherichia coli
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,44712
ポリマ－80,1444
非ポリマー3028
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9990 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area24050 Å2
手法PISA
4
M: YrbI from Escherichia coli
N: YrbI from Escherichia coli
ヘテロ分子

O: YrbI from Escherichia coli
P: YrbI from Escherichia coli
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,44712
ポリマ－80,1444
非ポリマー3028
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y+1/2,-z-11
Buried area10180 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area23820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.578, 156.947, 113.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
YrbI from Escherichia coli


分子量: 20036.121 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 遺伝子: yrbI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / 参照: UniProt: P67653
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 985 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.85→36.61 Å / Num. obs: 231079

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→36.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.501 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24434 12229 5 %RANDOM
Rwork0.21345 ---
obs0.21499 231079 96.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.832 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21549 0 32 985 22566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02221880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.091.99229671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.12152880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.7224.67863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.382153788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.46815142
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.23568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.210954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.215101
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.21342
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1720.263
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5061.514696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.889222783
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.44338034
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3594.56888
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 586 -
Rwork0.33 11415 -
obs--64.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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