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- PDB-2r8e: Crystal structure of YrbI from Escherichia coli in complex with Mg -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r8e
タイトルCrystal structure of YrbI from Escherichia coli in complex with Mg
要素3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / Phosphatase / YrbI / divalent metal / HAD superfamily / KDO 8-P / Lipopolysaccharide biosynthesis / Magnesium
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Tsodikov, O.V. / Aggarwal, P. / Rubin, J.R. / Stuckey, J.A. / Woodard, R. / Biswas, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Tail of KdsC: CONFORMATIONAL CHANGES CONTROL THE ACTIVITY OF A HALOACID DEHALOGENASE SUPERFAMILY PHOSPHATASE.
著者: Biswas, T. / Yi, L. / Aggarwal, P. / Wu, J. / Rubin, J.R. / Stuckey, J.A. / Woodard, R.W. / Tsodikov, O.V.
履歴
登録2007年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
E: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
G: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
H: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,62520
ポリマ－160,2898
非ポリマー33612
水40,2092232
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21640 Å2
手法PISA
2
A: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
B: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2428
ポリマ－80,1444
非ポリマー974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8530 Å2
手法PISA
3
E: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
F: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
G: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
H: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,38412
ポリマ－80,1444
非ポリマー2398
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.877, 83.005, 85.864
Angle α, β, γ (deg.)118.84, 118.77, 90.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase / KDO 8-P phosphatase


分子量: 20036.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O6 (大腸菌) / 株: BL21 / 遺伝子: kdsC / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P67653, 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→40 Å / Num. obs: 313166

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→29.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.799 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18807 15726 5 %RANDOM
Rwork0.1586 ---
obs0.1601 296631 94.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.281 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.08 Å2-0.2 Å2
2--0.11 Å2-0.02 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10564 0 12 2232 12808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210692
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.99214508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25751408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.30424.463419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.925151833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2781572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.21753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.25860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.27432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.22065
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0080.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.280.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.110.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.111.57155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.673211136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.68833930
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6224.53372
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.845311085
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.39332244
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.045310564
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 965 -
Rwork0.26 18481 -
obs--79.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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