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万見
- PDB-2r7g: Structure of the retinoblastoma protein pocket domain in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r7g
タイトルStructure of the retinoblastoma protein pocket domain in complex with adenovirus E1A CR1 domain
要素
  • Early E1A 32 kDa protein
  • Retinoblastoma-associated protein
キーワードTRANSCRIPTION REPRESSOR / CELL CYCLE / Retinoblastoma protein / E1A / E2F displacement
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation by virus of viral protein levels in host cell / Defective translocation of RB1 mutants to the nucleus / enucleate erythrocyte differentiation / Rb-E2F complex / regulation of lipid kinase activity / positive regulation of collagen fibril organization / negative regulation of myofibroblast differentiation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / chromatin lock complex ...regulation by virus of viral protein levels in host cell / Defective translocation of RB1 mutants to the nucleus / enucleate erythrocyte differentiation / Rb-E2F complex / regulation of lipid kinase activity / positive regulation of collagen fibril organization / negative regulation of myofibroblast differentiation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / chromatin lock complex / sister chromatid biorientation / importin-alpha family protein binding / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / positive regulation of extracellular matrix organization / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of centromere complex assembly / positive regulation of macrophage differentiation / glial cell apoptotic process / positive regulation of protein sumoylation / tissue homeostasis / protein localization to chromosome, centromeric region / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / neuron maturation / myoblast differentiation / digestive tract development / aortic valve morphogenesis / Replication of the SARS-CoV-1 genome / SWI/SNF complex / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of glial cell proliferation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / smoothened signaling pathway / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / hepatocyte apoptotic process / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / skeletal muscle cell differentiation / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / negative regulation of apoptotic signaling pathway / molecular sequestering activity / negative regulation of cell cycle / chromosome organization / chondrocyte differentiation / glial cell proliferation / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / striated muscle cell differentiation / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / regulation of mitotic cell cycle / Condensation of Prophase Chromosomes / epithelial cell proliferation / negative regulation of protein kinase activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / phosphoprotein binding / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / negative regulation of cell growth / PML body / Oncogene Induced Senescence / spindle / negative regulation of inflammatory response / kinase binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to insulin stimulus / negative regulation of epithelial cell proliferation / neuron projection development / transcription corepressor activity / Cyclin D associated events in G1 / disordered domain specific binding / heterochromatin formation / cellular response to xenobiotic stimulus / regulation of protein localization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Replication of the SARS-CoV-2 genome / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / molecular adaptor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / Ras protein signal transduction / cell differentiation / regulation of cell cycle / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / chromatin remodeling / symbiont-mediated suppression of host gene expression / cell division / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin
類似検索 - 分子機能
Adenovirus early E1A protein / Early E1A protein / Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain ...Adenovirus early E1A protein / Early E1A protein / Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) / Retinoblastoma-associated protein A domain / Rb C-terminal domain / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Early E1A protein / Retinoblastoma-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.671 Å
データ登録者Liu, X. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2007
タイトル: Structure of the retinoblastoma protein bound to adenovirus E1A reveals the molecular basis for viral oncoprotein inactivation of a tumor suppressor
著者: Liu, X. / Marmorstein, R.
履歴
登録2007年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoblastoma-associated protein
B: Early E1A 32 kDa protein
C: Retinoblastoma-associated protein
D: Early E1A 32 kDa protein
E: Early E1A 32 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2447
ポリマ－85,0525
非ポリマー1922
水8,683482
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.713, 57.706, 92.268
Angle α, β, γ (deg.)94.340, 92.690, 105.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Retinoblastoma-associated protein / PP110 / P105-RB / RB


分子量: 40728.309 Da / 分子数: 2 / 断片: Pocket domain, deletion of residues 582-642 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1 / プラスミド: pGex4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P06400
#2: タンパク質・ペプチド Early E1A 32 kDa protein


分子量: 1198.344 Da / 分子数: 3 / 断片: CR1 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
属: Mastadenovirus / 生物種: Human adenovirus C / 株: type 5 / プラスミド: pGex4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03255
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 15mM magnesium acetate tetrahydrate, 50mM sodium cacodylate trihydrate, pH 6.0 and 1.7M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.671→50 Å / Num. all: 121240 / Num. obs: 121240 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Χ2: 1.078 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.671-1.731.70.39274851.025156.7
1.73-1.82.10.335113531.052185.8
1.8-1.882.50.262124921.081195.2
1.88-1.982.60.176127381.099196.5
1.98-2.12.60.105127281.096196.9
2.1-2.272.60.072127641.095197.2
2.27-2.492.70.05129401.08197.5
2.49-2.862.70.038128211.095197.8
2.86-3.62.70.027129631.085198.2
3.6-502.60.021129561.02198.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.99 Å40.84 Å
Translation1.99 Å40.84 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.671→40.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.237 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21823 11573 10 %RANDOM
Rwork0.19532 ---
all0.19759 115475 --
obs0.19759 115475 95.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.025 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20.01 Å20.09 Å2
2--0.32 Å20.37 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.671→40.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5775 0 10 482 6267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.9738025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6315699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.80823.858269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.904151144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1951536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024326
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.23281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.24157
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2552
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.861.53646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40525766
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.20632594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3324.52259
LS精密化 シェル解像度: 1.671→1.714 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 403 -
Rwork0.271 3627 -
all-4030 -
obs--81.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.853-0.0569-0.09790.67260.04031.22050.03880.16430.0659-0.2048-0.02120.09060.0317-0.1991-0.0176-0.0437-0.0009-0.0189-0.04480.0263-0.03990.10550.25930.6307
27.8664-3.2532-0.48443.4987-1.24129.66750.2488-0.08470.0306-0.30150.0190.19530.4032-0.4823-0.2678-0.0571-0.0373-0.0242-0.06120.0015-0.0494-6.631-5.242714.1492
30.9331-0.0566-0.09790.8510.00491.1186-0.0003-0.29-0.10180.15230.0133-0.0890.16750.0427-0.0131-0.0549-0.0015-0.0258-0.02910.0283-0.041417.9239-13.643632.4229
45.7954-4.43470.88946.03180.591210.40350.0633-0.4209-0.12320.0020.1471-0.04270.5732-0.1259-0.2103-0.0344-0.0408-0.0084-0.06860.0379-0.055914.7209-21.460718.9919
511.74155.5691-3.006213.8033-0.242828.1912-0.02110.58920.07460.55350.2573-0.41850.95770.0877-0.23620.00030.0001-0.00030.00020.000202.1919-13.0292-30.039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA380 - 7851 - 345
2X-RAY DIFFRACTION2BB40 - 491 - 10
3X-RAY DIFFRACTION3CC380 - 7851 - 345
4X-RAY DIFFRACTION4DD40 - 491 - 10
5X-RAY DIFFRACTION5EE40 - 481 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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