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万見
- PDB-2r6q: Crystal Structure of BclA-island Construct -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r6q
タイトルCrystal Structure of BclA-island Construct
要素BclA protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Bacillus anthracis exosporium / antigen / collagen-like glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / regulation of phagocytosis / extracellular matrix organization / extracellular space
類似検索 - 分子機能
BclA, C-terminal domain / BclA C-terminal domain / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Han, B.W. / Herrin, B.R. / Turnbough Jr., C.L. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of BclA-island Construct
著者: Han, B.W. / Herrin, B.R. / Morris, G.M. / Choe, J. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A.
履歴
登録2007年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BclA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6441
ポリマ－13,6441
非ポリマー00
水3,027168
1
A: BclA protein

A: BclA protein

A: BclA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9313
ポリマ－40,9313
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area6430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.496, 67.496, 163.933
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y, z+(0 -1 0) and -x+y, -x, z+(1 0 0).

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要素

#1: タンパク質 BclA protein / Putative uncharacterized protein


分子量: 13643.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: bclA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81JD7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: di-Sodium tartrate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1
検出器タイプ: MarUSA MarMosaic -325 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月15日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL Si(111) BENT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.43→50 Å / Num. obs: 41307 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.43-1.4810.40.42837221.14691.6
1.48-1.5415.60.38840401.06698.6
1.54-1.6119.70.3240880.94499.8
1.61-1.721.40.23840881.097100
1.7-1.821.50.16441071.09100
1.8-1.9421.40.10241321.03100
1.94-2.1421.30.06641630.98399.9
2.14-2.4521.20.05141980.978100
2.45-3.0820.80.04442700.974100
3.08-5019.70.0344991.1198.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å33.75 Å
Translation2.5 Å33.75 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BclA(PDB ID: 1WCK)

1wck


解像度: 1.43→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.22 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.147 2086 5.1 %RANDOM
Rwork0.13 ---
obs0.13 41256 98.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20.32 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1021 0 0 168 1189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.9941452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9631640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5675158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.63427.30826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.77315164
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1220.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.852956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4582300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5641186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5866369
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6138258
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.81232065
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.5283168
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.70531667
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.468 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 140 -
Rwork0.215 2546 -
all-2686 -
obs--89.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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