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- PDB-2r6p: Fit of E protein and Fab 1A1D-2 into 24 angstrom resolution cryoE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r6p
タイトルFit of E protein and Fab 1A1D-2 into 24 angstrom resolution cryoEM map of Fab complexed with dengue 2 virus.
要素
  • Heavy chain of 1A1D-2
  • Light chain of 1A1D-2
  • Major envelope protein E
キーワードVirus/Immune System / Fab / dengue / virus / neutralization / Virus-Immune System COMPLEX / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane ...viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain ...Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / : / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Igh protein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 2 Puerto Rico/PR159-S1/1969 (デング熱ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24 Å
データ登録者Lok, S.M. / Kostyuchenko, V.K. / Holdaway, H.A. / Chipman, P.R. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2008
タイトル: Binding of a neutralizing antibody to dengue virus alters the arrangement of surface glycoproteins.
著者: Shee-Mei Lok / Victor Kostyuchenko / Grant E Nybakken / Heather A Holdaway / Anthony J Battisti / Soila Sukupolvi-Petty / Dagmar Sedlak / Daved H Fremont / Paul R Chipman / John T Roehrig / ...著者: Shee-Mei Lok / Victor Kostyuchenko / Grant E Nybakken / Heather A Holdaway / Anthony J Battisti / Soila Sukupolvi-Petty / Dagmar Sedlak / Daved H Fremont / Paul R Chipman / John T Roehrig / Michael S Diamond / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann /
要旨: The monoclonal antibody 1A1D-2 has been shown to strongly neutralize dengue virus serotypes 1, 2 and 3, primarily by inhibiting attachment to host cells. A crystal structure of its antigen binding ...The monoclonal antibody 1A1D-2 has been shown to strongly neutralize dengue virus serotypes 1, 2 and 3, primarily by inhibiting attachment to host cells. A crystal structure of its antigen binding fragment (Fab) complexed with domain III of the viral envelope glycoprotein, E, showed that the epitope would be partially occluded in the known structure of the mature dengue virus. Nevertheless, antibody could bind to the virus at 37 degrees C, suggesting that the virus is in dynamic motion making hidden epitopes briefly available. A cryo-electron microscope image reconstruction of the virus:Fab complex showed large changes in the organization of the E protein that exposed the epitopes on two of the three E molecules in each of the 60 icosahedral asymmetric units of the virus. The changes in the structure of the viral surface are presumably responsible for inhibiting attachment to cells.
履歴
登録2007年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Data collection / Data processing / Structure summary
カテゴリ: audit_author / em_image_scans / em_software / Item: _audit_author.name / _em_software.name
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1418
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1418
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major envelope protein E
B: Major envelope protein E
C: Major envelope protein E
D: Heavy chain of 1A1D-2
E: Light chain of 1A1D-2
F: Heavy chain of 1A1D-2
G: Light chain of 1A1D-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,9667
ポリマ－221,9667
非ポリマー00
水00
1
A: Major envelope protein E
B: Major envelope protein E
C: Major envelope protein E
D: Heavy chain of 1A1D-2
E: Light chain of 1A1D-2
F: Heavy chain of 1A1D-2
G: Light chain of 1A1D-2
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,317,956420
ポリマ－13,317,956420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Major envelope protein E
B: Major envelope protein E
C: Major envelope protein E
D: Heavy chain of 1A1D-2
E: Light chain of 1A1D-2
F: Heavy chain of 1A1D-2
G: Light chain of 1A1D-2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.11 MDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,109,83035
ポリマ－1,109,83035
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Major envelope protein E
B: Major envelope protein E
C: Major envelope protein E
D: Heavy chain of 1A1D-2
E: Light chain of 1A1D-2
F: Heavy chain of 1A1D-2
G: Light chain of 1A1D-2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.33 MDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,331,79642
ポリマ－1,331,79642
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Major envelope protein E / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 43403.984 Da / 分子数: 3 / 断片: E protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 2 Puerto Rico/PR159-S1/1969 (デング熱ウイルス)
属: Flavivirus / 生物種: Dengue virus / 株: PR-159-S1 / 遺伝子: E protein / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P18356, UniProt: Q66394*PLUS
#2: 抗体 Heavy chain of 1A1D-2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23068.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balbc / 遺伝子: immunoglobulin / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 参照: UniProt: Q6PJB2*PLUS
#3: 抗体 Light chain of 1A1D-2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 22808.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: balbc / 遺伝子: immunoglobulin / 細胞株 (発現宿主): hybridoma

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Fab Fragment of MAb 1A1D-2 complexed with Dengue 2 virus
タイプ: VIRUS / 詳細: 12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: MOSQUITO / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Aedes albopictus / 株: C6/36 cells
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 400 mesh copper grid
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200T / 日付: 2007年3月21日 / 詳細: low dose
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 51040 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3373 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2276 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 87 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 2.39 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMfitモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
3Xmipp３次元再構成
CTF補正詳細: phase flip
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 24 Å / 粒子像の数: 2885 / ピクセルサイズ（実測値）: 2.74 Å / 詳細: THE COORDINATES IN THIS ENTRY CONTAIN CA ONLY / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Using EMFIT
詳細: METHOD--place coordinates manually and then optimise position using program REFINEMENT PROTOCOL--rigid body
原子モデル構築PDB-ID: 1THD

1thd


Accession code: 1THD / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2006 0 0 0 2006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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