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- PDB-2r5y: Structure of Scr/Exd complex bound to a consensus Hox-Exd site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r5y
タイトルStructure of Scr/Exd complex bound to a consensus Hox-Exd site
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DCP*DTP*DCP*DTP*DAP*DTP*DGP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DGP*DGP*DCP*DTP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DCP*DAP*DGP*DCP*DCP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DCP*DAP*DTP*DAP*DGP*DAP*DG)-3')
  • Homeobox protein extradenticle
  • Homeotic protein Sex combs reduced
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Homeodomain / homeotic proteins / specificity / Developmental protein / DNA-binding / Homeobox / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sex comb development / salivary gland boundary specification / oenocyte development / somatic muscle development / midgut development / eye development / regulation of cell fate specification / peripheral nervous system development / anterior/posterior pattern specification / embryonic organ development ...sex comb development / salivary gland boundary specification / oenocyte development / somatic muscle development / midgut development / eye development / regulation of cell fate specification / peripheral nervous system development / anterior/posterior pattern specification / embryonic organ development / neuron development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / animal organ morphogenesis / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / brain development / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / Homeobox protein, antennapedia type / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain ...: / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / Homeobox protein, antennapedia type / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeotic protein Sex combs reduced / Homeobox protein extradenticle
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Aggarwal, A.K. / Passner, J.M. / Jain, R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Functional specificity of a Hox protein mediated by the recognition of minor groove structure
著者: Joshi, R. / Passner, J.M. / Rohs, R. / Jain, R. / Sosinsky, A. / Crickmore, M.A. / Jacob, V. / Aggarwal, A.K. / Honig, B. / Mann, R.S.
履歴
登録2007年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*DAP*DCP*DTP*DCP*DTP*DAP*DTP*DGP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DGP*DGP*DCP*DTP*DG)-3')
D: DNA (5'-D(*DTP*DCP*DAP*DGP*DCP*DCP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DCP*DAP*DTP*DAP*DGP*DAP*DG)-3')
A: Homeotic protein Sex combs reduced
B: Homeobox protein extradenticle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7874
ポリマ－30,7874
非ポリマー00
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.310, 65.310, 200.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DCP*DTP*DCP*DTP*DAP*DTP*DGP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DGP*DGP*DCP*DTP*DG)-3')


分子量: 6154.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DCP*DAP*DGP*DCP*DCP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DCP*DAP*DTP*DAP*DGP*DAP*DG)-3')


分子量: 6110.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Homeotic protein Sex combs reduced


分子量: 10967.711 Da / 分子数: 1 / Fragment: Homeobox DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Scr / プラスミド: pET-3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P09077
#4: タンパク質 Homeobox protein extradenticle / Dpbx


分子量: 7553.561 Da / 分子数: 1 / Fragment: Homeobox TALE-type DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: exd / プラスミド: pET-3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P40427
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 20% MPD, 10-14% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.2M potassium chloride, 0.1M Tris , pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2MPD12
3PEG 400011
4PEG 400012
5sodium acetate11
6sodium acetate12
7potassium chloride11
8potassium chloride12
9Tris11
10Tris12

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月5日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 13684 / Num. obs: 13550 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 23.2 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.86 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Num. unique all: 1371 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1B8I

1b8i


解像度: 2.6→11.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 541221.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 1031 7.7 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.255 13429 96.3 %-
all-14460 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.2994 Å2 / ksol: 0.308333 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å20 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3---1.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→11.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1149 814 0 103 2066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.322.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 155 7.3 %
Rwork0.394 1980 -
obs-2252 94.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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