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- PDB-2r5o: Crystal structure of the C-terminal domain of wzt -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r5o
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of wzt
要素Putative ATP binding component of ABC-transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / immunoglobulin fold / carbohydrate binding / domain swapping / O antigen export / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


teichoic-acid-transporting ATPase / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
abc- transporter (atp binding component) like domain / Wzt, C-terminal / Wzt C-terminal domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Distorted Sandwich ...abc- transporter (atp binding component) like domain / Wzt, C-terminal / Wzt C-terminal domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Distorted Sandwich / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O9 family O-antigen ABC transporter ATP-binding protein Wzt
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Kimber, M.S. / Cuthbertson, L. / Whitfield, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Substrate binding by a bacterial ABC transporter involved in polysaccharide export.
著者: Cuthbertson, L. / Kimber, M.S. / Whitfield, C.
履歴
登録2007年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ATP binding component of ABC-transporter
B: Putative ATP binding component of ABC-transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,11311
ポリマ－42,6982
非ポリマー4169
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
手法PISA
2
A: Putative ATP binding component of ABC-transporter
B: Putative ATP binding component of ABC-transporter
ヘテロ分子

A: Putative ATP binding component of ABC-transporter
B: Putative ATP binding component of ABC-transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,22622
ポリマ－85,3954
非ポリマー83118
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area11160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.081, 106.081, 70.351
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Putative ATP binding component of ABC-transporter


分子量: 21348.785 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O9A / 遺伝子: ORF431 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: Q47591
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.317657 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.929165 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 24% PEG 5000 MME, 6% (v/v) glycerol, 0.4 M NaCl, 0.16 M (NH4)2SO4, 0.08 M Na Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.1 % / Av σ(I) over netI: 20 / 数: 306459 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 2.42 / D res high: 1.72 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 43130 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.715098.710.0434.5336.5
2.943.7110010.0443.4447
2.572.9410010.0543.2067.1
2.332.5710010.062.7377.2
2.172.3310010.0662.4617.3
2.042.1710010.0722.1127.3
1.942.0410010.0791.7657.3
1.851.9410010.111.5957.3
1.781.8510010.1241.2917.3
1.721.7899.410.151.1586.8
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. all: 98312 / Num. obs: 98154 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rsym value: 0.057 / Χ2: 1.11 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 6.4 % / Num. unique all: 9705 / Rsym value: 0.444 / Χ2: 0.984 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.9 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.4 / 反射: 31387
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Hg17.1140.370.1670.0190.835
2Hg19.8340.2730.0930.0470.397
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
6.67-200.361646
4.27-6.670.392677
3.35-4.270.43386
2.85-3.350.433925
2.52-2.850.454361
2.29-2.520.424805
2.1-2.290.415184
1.96-2.10.335403
Phasing dmFOM : 0.73 / FOM acentric: 0.74 / FOM centric: 0.65 / 反射: 31387 / Reflection acentric: 27780 / Reflection centric: 3607
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.4-19.910.90.920.8414541042412
3.4-5.40.930.940.8743483612736
2.7-3.40.860.880.7453284673655
2.4-2.70.760.780.653164752564
2-2.40.650.670.4793268511815
1.9-20.490.50.3456155190425

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.1位相決定
RESOLVE2.1位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.18 / SU ML: 0.026 / Isotropic thermal model: isotropic + TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 4829 5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
all0.167 96876 --
obs0.167 96876 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.626 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2773 0 21 364 3158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222856
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.9613877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82735990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1615332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.84923.958144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.93415484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3581517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.22631
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21739
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2490.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7381.51680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2141.5685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25122764
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77531214
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5824.51113
LS精密化 シェル解像度: 1.301→1.335 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 354 -
Rwork0.205 6793 -
all-7147 -
obs-7243 99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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