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- PDB-2r58: Crystal Structure of the two MBT repeats from Sex-Comb on Midleg ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r58
タイトルCrystal Structure of the two MBT repeats from Sex-Comb on Midleg (SCM) in Complex with Di-Methyl Lysine
要素Polycomb protein Scm
キーワードTRANSCRIPTION / MBT repeat / Polycomb / Sex Comb on Midleg / di-methyl lysine / Chromatin regulator / Developmental protein / Metal-binding / Nucleus / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex binding / germarium-derived female germ-line cyst encapsulation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / follicle cell of egg chamber stalk formation / compound eye development / ventral cord development ...PRC1 complex binding / germarium-derived female germ-line cyst encapsulation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / follicle cell of egg chamber stalk formation / compound eye development / ventral cord development / Oxidative Stress Induced Senescence / polytene chromosome / negative regulation of growth / anterior/posterior axis specification / neurogenesis / axonogenesis / heterochromatin formation / sequence-specific DNA binding / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, MYM-type / MYM-type Zinc finger with FCS sequence motif / : / SLED domain / SLED domain superfamily / SLED domain / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. ...Zinc finger, MYM-type / MYM-type Zinc finger with FCS sequence motif / : / SLED domain / SLED domain superfamily / SLED domain / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SAM domain (Sterile alpha motif) / SH3 type barrels. - #140 / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-DIMETHYL-LYSINE / Polycomb protein Scm
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Grimm, C. / Steuerwald, U. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2007
タイトル: Structural and functional analyses of methyl-lysine binding by the malignant brain tumour repeat protein Sex comb on midleg.
著者: Grimm, C. / de Ayala Alonso, A.G. / Rybin, V. / Steuerwald, U. / Ly-Hartig, N. / Fischle, W. / Muller, J. / Muller, C.W.
履歴
登録2007年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein Scm
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5732
ポリマ－29,3981
非ポリマー1741
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.120, 83.120, 75.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-467-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein Scm / Sex comb on midleg protein


分子量: 29398.307 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues:175-435 / 変異: R277C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Scm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VHA0
#2: 化合物 ChemComp-MLY / N-DIMETHYL-LYSINE / N6,N6-ジメチルリシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 174.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3
詳細: 15% (w/v) PEG3350, 100 mM calcium acetate and 3% ethanol, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20.8 Å / Num. all: 0 / Num. obs: 17807 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0456 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 81.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DNAデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R57

2r57


解像度: 2→20.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.816 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22875 907 5.1 %RANDOM
Rwork0.18596 ---
all0.18803 0 --
obs0.18803 16819 96.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.647 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å20 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----1.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1661 0 12 172 1845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221722
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9542339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5545211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.5624.81983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03515274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.248159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21159
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6551.51098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04321719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5633723
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2974.5620
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 66 -
Rwork0.222 945 -
obs--76.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1412-6.2333-2.767213.72532.91739.11130.3545-0.03170.327-0.2079-0.0001-0.8150.69191.1398-0.35440.03530.12590.08260.1647-0.0865-0.0744-8.397-10.466-27.015
21.9722-0.6156-0.56211.9006-0.13892.5723-0.0307-0.35120.2241-0.19670.1387-0.3516-0.32270.09-0.1080.1709-0.05540.03460.0663-0.07040.0035-26.9793.881-11.687
32.9154-0.5439-0.58752.38980.2992.7624-0.053-0.2059-0.0775-0.30490.0493-0.25590.02510.0670.00370.1393-0.03130.050.0791-0.0487-0.0349-28.7510.701-11.173
45.19411.6722-3.224146.4046-8.4075.3474-0.048-0.12120.4807-0.02760.32480.5634-0.576-0.2408-0.27680.1590.03230.0010.0732-0.0599-0.0783-39.15412.167-12.669
53.39410.1363.835830.53299.16824.26770.4662-1.8425-1.2569-0.92170.48342.0328-0.8149-3.1948-0.9496-0.05060.13230.03880.55260.1569-0.2563-47.4992.711-5.985
67.9821-0.8134-3.83313.46690.62465.18040.427-0.77240.63260.1025-0.0532-0.3761-0.94880.3094-0.37380.2097-0.00110.03970.013-0.1076-0.0454-29.0169.701-6.804
74.1022-2.1262-0.00623.12120.87635.95570.57510.61110.2845-0.6317-0.4652-0.2532-0.38840.2606-0.110.18810.10.15160.0617-0.0205-0.0256-16.269-4.47-31.415
84.315-1.2476-3.16274.2362-0.723911.20070.36140.6808-0.4312-0.3911-0.19930.36790.8167-0.7517-0.16210.15260.01450.01290.064-0.10810.0048-22.863-12.339-27.638
93.5198-0.0779-1.90075.06521.99596.42270.55880.40420.3803-0.5614-0.25410.1054-0.3184-0.2743-0.30470.14810.08240.11590.0832-0.0141-0.0066-21.595-2.983-27.557
106.3584-1.3938-0.03225.3421.06338.62220.2257-0.1409-0.32910.0167-0.1711-0.32110.91230.6119-0.05460.15710.08480.05210.0751-0.0473-0.0117-13.984-12.3-17.795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA174 - 1954 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2AA196 - 22726 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3AA228 - 26358 - 93
4X-RAY DIFFRACTION4AA264 - 27494 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5AA275 - 283105 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6AA284 - 308114 - 138
7X-RAY DIFFRACTION7AA309 - 324139 - 154
8X-RAY DIFFRACTION8AA325 - 356155 - 186
9X-RAY DIFFRACTION9AA357 - 369187 - 199
10X-RAY DIFFRACTION10AA370 - 383200 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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