+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2p0k | ||||||
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Title | Crystal structure of SCMH1 | ||||||
Components | Polycomb protein SCMH1Polycomb-group proteins | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / scmh1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / chromocenter / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / anterior/posterior pattern specification / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription ...: / chromocenter / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / anterior/posterior pattern specification / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / histone binding / spermatogenesis / Oxidative Stress Induced Senescence / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Herzanych, N. / Senisterra, G. / Liu, Y. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. ...Herzanych, N. / Senisterra, G. / Liu, Y. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structure of SCMH1 Authors: Herzanych, N. / Senisterra, G. / Liu, Y. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2p0k.cif.gz | 63.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2p0k.ent.gz | 46.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2p0k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/2p0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/2p0k | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2bivS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23928.387 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SCMH1 / Plasmid: pET28a-MHL / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q96GD3 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 20% PEG3350, 0.2M Ammonium Citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 4, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→83.05 Å / Num. all: 23100 / Num. obs: 23100 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 13.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2BIV Resolution: 1.75→83.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.327 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.108 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.106 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→83.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.794 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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