PDB-2r5m: Crystal Structure of the two MBT repeats from Sex-Comb on Midleg ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r5m

タイトル

Crystal Structure of the two MBT repeats from Sex-Comb on Midleg (SCM) in complex with peptide R-(me)K-S

要素

Polycomb protein Scm
peptide R(me)KS

キーワード

TRANSCRIPTION / MBT repeat / Polycomb / Sex Comb on Midleg / Chromatin regulator / Developmental protein / Metal-binding / Nucleus / Repressor / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

PRC1 complex binding / germarium-derived female germ-line cyst encapsulation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / follicle cell of egg chamber stalk formation / compound eye development / ventral cord development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Grimm, C. / Steuerwald, U. / Mueller, C.W.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2007
タイトル: Structural and functional analyses of methyl-lysine binding by the malignant brain tumour repeat protein Sex comb on midleg.
著者: Grimm, C. / de Ayala Alonso, A.G. / Rybin, V. / Steuerwald, U. / Ly-Hartig, N. / Fischle, W. / Muller, J. / Muller, C.W.

履歴

登録	2007年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r5m.cif.gz	58.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r5m.ent.gz	45.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/2r5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/2r5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r57C 2r58C 2r5aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2r5a-d 2r58-d 4nst-4 2vyt-1 3kbr-d 1sh6-d 2biv-2 2p0k-d 3ege-d 5wol-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polycomb protein Scm

L: peptide R(me)KS

29.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.710, 82.710, 76.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-466- HOH

#1: タンパク質	Polycomb protein Scm / Sex comb on midleg protein 分子量: 29398.307 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues:175-435 / 変異: R277C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Scm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VHA0
#2: タンパク質・ペプチド	peptide R(me)KS 分子量: 404.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3 詳細: 15% (w/v) PEG3350, 100 mM calcium acetate and 3% ethanol, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→20 Å / Num. all: 0 / Num. obs: 9984 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 4.1
反射シェル	解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1112 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DNA		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 21.99 / SU ML: 0.247 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 2.357 / ESU R Free: 0.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24467	377	4.8 %	RANDOM
R_work	0.16942	-	-	-
all	0.17295	0	-	-
obs	0.17295	7531	97.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.991 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1689	0	0	173	1862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.303	1.953	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.526	5	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.565	24.643	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.793	15	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.716	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.241	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.165	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.856	1.5	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.469	2	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.319	3	731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.571	4.5	624
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	28	-
R_work	0.207	544	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.1071	-8.7856	-4.1015	23.1337	2.8163	10.2178	0.504	-0.2932	0.4249	-0.5606	0.0255	-1.4945	-0.0833	1.8162	-0.5294	-0.0146	-0.0677	0.1052	0.1931	-0.1768	0.0486	-8.397	-10.466	-27.015
2	4.0336	-1.2287	-1.5464	3.1735	-0.3716	3.1751	0.0267	-0.6967	0.5404	-0.2082	0.2479	-0.6056	-0.3148	0.164	-0.2746	0.2823	-0.1235	0.0449	0.0746	-0.177	0.0092	-26.979	3.881	-11.687
3	7.9403	-2.1375	-2.3527	5.4813	-0.0231	3.0926	-0.15	-0.5421	0.0174	-0.3729	0.1361	-0.6406	-0.1775	-0.029	0.0139	0.2126	-0.0594	0.0131	0.0581	-0.1466	-0.1269	-28.751	0.701	-11.173
4	8.4851	13.6642	-3.3637	45.9066	-11.8779	5.277	-0.0561	-0.7146	0.8307	0.0871	0.5045	0.3284	-0.8959	-0.0873	-0.4485	0.295	-0.0313	0.0565	0.1097	-0.1858	-0.0731	-39.154	12.167	-12.669
5	24.4502	3.6428	-2.1775	29.1204	11.3375	19.0416	0.5832	-2.4299	1.014	-1.231	0.0545	1.6066	-0.7514	-3.1375	-0.6378	-0.0185	0.149	-0.1495	0.6703	0.1537	-0.2684	-47.499	2.711	-5.985
6	12.0715	-0.3013	-7.5775	4.2895	1.7336	9.3675	0.4945	-0.8512	1.0522	0.0027	0.0117	-0.641	-1.4107	0.2452	-0.5062	0.3934	0.0193	0.0264	-0.0381	-0.1743	0.0327	-29.016	9.701	-6.804
7	8.5214	-4.0193	-0.3503	3.0598	3.6884	10.6786	0.6824	0.6984	0.4001	-0.9472	-0.5482	-0.4379	-1.2054	0.8124	-0.1342	0.2882	0.0347	0.2245	-0.0153	-0.113	0.0605	-16.269	-4.47	-31.415
8	7.3808	-0.5088	-2.7054	7.839	-1.7075	19.3597	0.4176	0.6323	-0.6131	-0.498	-0.0323	0.1559	0.6716	-0.8894	-0.3853	-0.0023	0.1117	0.0145	-0.0431	-0.1427	0.0622	-22.863	-12.339	-27.638
9	2.8669	2.1485	-0.7775	3.8249	1.9725	5.0292	0.7162	0.0381	0.4346	-0.5732	-0.577	0.1353	-0.8674	0.0877	-0.1392	0.3037	0.0176	0.1675	-0.0112	-0.1178	0.0836	-21.595	-2.983	-27.557
10	9.0056	-1.6662	0.9019	6.8379	1.1466	15.0387	0.5301	-0.459	-0.3905	0.4838	-0.1493	-0.5665	0.8916	1.0971	-0.3808	0.1291	0.0785	0.0214	0.0119	-0.0786	0.1117	-13.984	-12.3	-17.795

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	174 - 195	4 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	196 - 227	26 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	228 - 263	58 - 93
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	264 - 274	94 - 104
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	275 - 283	105 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	284 - 308	114 - 138
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	309 - 324	139 - 154
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	325 - 356	155 - 186
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	357 - 369	187 - 199
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	370 - 383	200 - 213

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)