PDB-2r4q: The structure of a domain of fruA from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r4q

タイトル

The structure of a domain of fruA from Bacillus subtilis

要素

Phosphotransferase system (PTS) fructose-specific enzyme IIABC component

キーワード

TRANSFERASE / TRANSPORT PROTEIN / Phosphotransferase system / Fructose specific IIB subunit / pfam02379 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Membrane / Sugar transport / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-Npi-phosphohistidine-D-fructose phosphotransferase / protein-N(PI)-phosphohistidine-fructose phosphotransferase system transporter activity / protein-phosphocysteine-sugar phosphotransferase activity / carbohydrate:proton symporter activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Sather, A. / Nocek, B. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a domain of fruA from Bacillus subtilis.
著者: Cuff, M.E. / Sather, A. / Nocek, B. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r4q.cif.gz	41.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r4q.ent.gz	27.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/2r4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/2r4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4hua-d 5hr1-3 2vm2-2 3d4a-3 2trx-2 2h75-1 1m39-d 3d9y-1 3f3r-2 3m9j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC86784.1This entry TargetDB: APC1979.1Homologue

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphotransferase system (PTS) fructose-specific enzyme IIABC component

11.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.661, 43.661, 110.896
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-289- HOH

詳細

Authors state that the biological unit of this polypeptide is unknown.

#1: タンパク質	Phosphotransferase system (PTS) fructose-specific enzyme IIABC component / Fructose PTS IIABC 分子量: 11609.996 Da / 分子数: 1 / 断片: Targeted domain: Residues 171-273 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 生物種: Bacillus subtilis / 株: 168 / 遺伝子: fruA, BSU14400 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P71012
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921, 0.97940

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月5日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97921	1
2	0.9794	1

Reflection

冗長度: 11.4 % / Av σ(I) over netI: 12.3 / 数: 167802 / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 1.97 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 14676 / % possible obs: 98.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.95	50	90.8	1	0.057	6.26	10.9
3.13	3.95	97.5	1	0.049	3.555	12.1
2.74	3.13	98.5	1	0.059	3.089	12.7
2.49	2.74	98.8	1	0.065	2.435	13.1
2.31	2.49	99.5	1	0.067	1.978	13.1
2.17	2.31	99.6	1	0.069	1.647	13.2
2.06	2.17	99.8	1	0.08	1.507	13.3
1.97	2.06	99.7	1	0.091	1.288	13.3
1.9	1.97	99.9	1	0.108	1.185	13.4
1.83	1.9	100	1	0.139	1.01	13.5
1.77	1.83	100	1	0.188	0.909	12.5
1.72	1.77	100	1	0.229	0.852	9.4
1.68	1.72	99.8	1	0.285	0.729	7.9
1.64	1.68	97.7	1	0.33	0.707	6.7
1.6	1.64	90.8	1	0.404	0.694	5.6

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 14676 / Num. obs: 14676 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 23.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 1.974 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 876 / Χ²: 0.694 / % possible all: 90.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.6 Å / D res low: 40.62 Å / FOM : 0.401 / FOM acentric: 0.445 / FOM centric: 0.198 / 反射: 14650 / Reflection acentric: 12051 / Reflection centric: 2599

Phasing MAD set

最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 40.62 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	1.85	1	0.1	0.1	0	0	12051	2599
2	0.94	0.88	2.3	3.3	0.5	0.44	11976	2551

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	10.03-40.62	1.4	1	0.4	0.2	0	0	19	44
1	5.72-10.03	1.69	1	0.4	0.2	0	0	167	121
1	4-5.72	1.37	1	0.3	0.2	0	0	457	183
1	3.08-4	1.19	1	0.2	0.2	0	0	883	283
1	2.5-3.08	1.74	1	0.1	0.1	0	0	1446	370
1	2.11-2.5	1.9	1	0.1	0	0	0	2164	462
1	1.82-2.11	3.09	1	0	0	0	0	2990	539
1	1.6-1.82	18.68	1	0	0	0	0	3925	597
2	10.03-40.62	0.79	0.58	5.6	3.6	1.04	1.63	19	44
2	5.72-10.03	0.69	0.62	3.3	4.1	1.58	1.16	166	120
2	4-5.72	0.75	0.68	3.3	3.9	1.17	0.99	457	178
2	3.08-4	0.84	0.85	2.5	3.5	1.1	0.68	883	282
2	2.5-3.08	0.88	0.87	1.9	2.9	0.91	0.54	1446	370
2	2.11-2.5	0.96	0.96	1.9	3	0.58	0.36	2164	445
2	1.82-2.11	0.99	0.98	1.9	3	0.35	0.2	2989	536
2	1.6-1.82	1	1	2.7	3.7	0.15	0.09	3852	576

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	25.43415	0.473	0.933	0.111	0
2	Se	33.39766	0.236	1.268	0.028	0
3	Se	24.24919	0.306	1.28	0.189	0
4	Se	55.81196	0.267	1.251	0.197	0
5	Se	22.90797	0.472	0.933	0.111	-0.046
6	Se	33.00828	0.236	1.268	0.028	-0.055
7	Se	23.79784	0.306	1.28	0.189	-0.015
8	Se	56.88612	0.267	1.25	0.197	-0.036

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
10.03-40.62	0.489	0.65	0.419	63	19	44
5.72-10.03	0.699	0.817	0.536	288	167	121
4-5.72	0.662	0.743	0.459	640	457	183
3.08-4	0.626	0.718	0.339	1166	883	283
2.5-3.08	0.599	0.681	0.276	1816	1446	370
2.11-2.5	0.503	0.575	0.165	2626	2164	462
1.82-2.11	0.389	0.442	0.097	3529	2990	539
1.6-1.82	0.155	0.174	0.032	4522	3925	597

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 14650

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
5.08-100	42.4	0.841	502
3.99-5.08	45.1	0.895	502
3.47-3.99	49.6	0.883	512
3.14-3.47	49.4	0.873	507
2.91-3.14	48.7	0.857	503
2.74-2.91	44	0.908	509
2.6-2.74	49	0.879	519
2.48-2.6	48.7	0.876	511
2.38-2.48	50.2	0.893	506
2.3-2.38	51.3	0.879	516
2.22-2.3	54.4	0.884	540
2.15-2.22	51.8	0.88	560
2.09-2.15	52.9	0.892	551
2.03-2.09	55.7	0.899	605
1.98-2.03	55	0.875	590
1.93-1.98	56.9	0.856	605
1.88-1.93	58.8	0.845	629
1.84-1.88	63.7	0.85	639
1.8-1.84	66.3	0.815	660
1.76-1.8	68.3	0.821	667
1.73-1.76	74.1	0.811	673
1.69-1.73	74.3	0.828	700
1.66-1.69	76.4	0.825	696
1.63-1.66	77.4	0.787	689
1.6-1.63	81.7	0.791	759

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6→23.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.557 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.105
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	740	5.1 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
all	0.2	14648	-	-
obs	0.2	14648	98.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.751 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→23.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	775	0	0	209	984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	858
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.439	1.989	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.407	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.122	25.938	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.171	15	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.765	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	609
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.293	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.253	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.845	1.5	573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.273	2	907
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.66	3	310
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.342	4.5	255

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	61	-
R_work	0.295	909	-
all	-	970	-
obs	-	-	91.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.3997 Å / Origin y: 23.6758 Å / Origin z: -5.7741 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0884 Å²	-0.017 Å²	0.0145 Å²	-	-0.1487 Å²	0.0045 Å²	-	-	-0.13 Å²
L	2.1998 °²	-0.0902 °²	0.0982 °²	-	2.2209 °²	-0.227 °²	-	-	3.3047 °²
S	0.0888 Å °	-0.0527 Å °	-0.0795 Å °	-0.2556 Å °	-0.1132 Å °	0.0126 Å °	0.0586 Å °	0.0772 Å °	0.0244 Å °

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