PDB-2r4j: Crystal structure of Escherichia coli SeMet substituted Glycerol-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r4j

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli SeMet substituted Glycerol-3-phosphate Dehydrogenase in complex with DHAP

要素

Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GlpD / FAD / Flavoprotein / Glycerol metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol-3-phosphate dehydrogenase / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (FAD) complex / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (quinone) activity / glycerol-3-phosphate catabolic process / glycerol catabolic process / anaerobic respiration / FAD binding / aerobic respiration / electron transfer activity / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Yeh, J.I. / Du, S. / Chinte, U.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structure of glycerol-3-phosphate dehydrogenase, an essential monotopic membrane enzyme involved in respiration and metabolism.
著者: Yeh, J.I. / Chinte, U. / Du, S.

履歴

登録	2007年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r4j.cif.gz	227.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r4j.ent.gz	182.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/2r4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/2r4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qcuC 2r45C 2r46C 2r4eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2r46-1 4g01-d 5o9x-d 5osi-3 1ije-d 1dpp-2 1z6a-d 1w9m-d 5osi-4 6yju-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase

B: Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.916, 114.142, 193.591
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 5 - 494 / Label seq-ID: 5 - 494

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AB

#1: タンパク質

Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase

分子量: 57157.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: glpD, glyD / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13035, EC: 1.1.99.5

#2: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 8種, 319分子

#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#7: 化合物	ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P
#8: 化合物	ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₇NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.31 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M di-Ammonium hydrogen phosphate, 0.1M Bicine, 12% w/v PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97928, 0.97947, 0.97181

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97928	1
2	0.97947	1
3	0.97181	1

Reflection

冗長度: 6.3 % / Av σ(I) over netI: 13.2 / 数: 551112 / R_merge(I) obs: 0.113 / Χ²: 1.33 / D res high: 1.95 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 87054 / % possible obs: 96.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.2	50	97.8	1	0.082	0.971	6.9
3.33	4.2	99.9	1	0.096	0.957	7.3
2.91	3.33	100	1	0.119	1.18	7.1
2.65	2.91	100	1	0.163	1.279	7.1
2.46	2.65	99.9	1	0.232	1.388	7.1
2.31	2.46	99.8	1	0.322	1.475	7
2.2	2.31	99.6	1	0.423	1.656	6.3
2.1	2.2	98.1	1	0.467	1.6	5.4
2.02	2.1	89.3	1	0.549	1.652	4.6
1.95	2.02	80.6	1	0.614	1.63	3.8

反射

解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 87054 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 13.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
1.96-2.02	3.8	0.614	80.6
2.02-2.1	4.6	0.549	89.3
2.1-2.2	5.4	0.467	98.1
2.2-2.31	6.3	0.423	99.6
2.31-2.46	7	0.322	99.8
2.46-2.65	7.1	0.232	99.9
2.65-2.91	7.1	0.163	100
2.91-3.33	7.1	0.119	100
3.33-4.2	7.3	0.096	99.9
4.2-50	6.9	0.082	97.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 2.02 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.31 / 反射: 79066

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9793	2.67	-8.23
1	3 wavelength	2	0.9718	2.25	-3.4
1	3 wavelength	3	0.9795	2.66	-10.28

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	33.921	0.845	0.217	0.113	0.839
2	Se	20.547	0.865	0.246	0.145	0.737
3	Se	26.158	0.253	0.364	0.145	0.931
4	Se	60	0.769	0.137	0.128	1.401
5	Se	60	0.079	0.094	0.142	1.271
6	Se	40.586	0.362	0.269	0.128	0.806
7	Se	52.257	0.676	0.284	0.04	1.153
8	Se	24.638	0.281	0.345	0.114	0.653
9	Se	60	0.594	0.422	0.142	1.414
10	Se	60	0.663	0.219	0.069	1.005
11	Se	33.545	0.217	0.176	0.041	0.678
12	Se	60	0.683	0.354	0.091	0.865
13	Se	60	0.277	0.16	0.067	1.34
14	Se	14.137	0.42	0.088	0.166	0.151
15	Se	54.985	0.149	0.182	0.092	0.641

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
7.31-50	0.52	3879
4.6-7.31	0.47	6877
3.59-4.6	0.49	8754
3.04-3.59	0.47	10255
2.68-3.04	0.35	11480
2.43-2.68	0.23	12326
2.23-2.43	0.15	13042
2.08-2.23	0.09	12453

Phasing dm

FOM : 0.54 / FOM acentric: 0.54 / FOM centric: 0.62 / 反射: 82520 / Reflection acentric: 77548 / Reflection centric: 4972

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.6-40.315	0.95	0.95	0.92	4047	3389	658
3.5-5.6	0.94	0.94	0.91	12195	11083	1112
2.8-3.5	0.81	0.82	0.76	15100	14112	988
2.4-2.8	0.56	0.56	0.48	14922	14142	780
2.1-2.4	0.3	0.3	0.25	25194	24133	1061
2-2.1	0.13	0.13	0.14	11062	10689	373

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.08	位相決定
RESOLVE	2.08	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.96→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 5.472 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26292	4086	5 %	RANDOM
R_work	0.21098	-	-	-
obs	0.2136	77725	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.138 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.68 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7934	0	434	277	8645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	8534
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.354	1.996	11492
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.943	5	989
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.529	22.806	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.095	15	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.437	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.161	0.2	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	3920
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.327	0.2	5657
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	447
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.198	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.123	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.55	1.5	5049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.305	2	7884
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.291	3	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.923	4.5	3608
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3920 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.36	0.5
medium thermal	0.85	2

LS精密化シェル

解像度: 1.96→2.008 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	149	-
R_work	0.28	2841	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)