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- PDB-2r37: Crystal structure of human glutathione peroxidase 3 (selenocystei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r37
タイトルCrystal structure of human glutathione peroxidase 3 (selenocysteine to glycine mutant)
要素Glutathione peroxidase 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / GLUTATHIONE / PEROXIDASE / PLASMA / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Secreted / Selenium / Selenocysteine
機能・相同性
機能・相同性情報


response to lipid hydroperoxide / selenium binding / glutathione peroxidase / glutathione peroxidase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / hydrogen peroxide catabolic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glutathione peroxidase active site / Glutathione peroxidases active site. / Glutathione peroxidase / Glutathione peroxidase conserved site / Glutathione peroxidase / Glutathione peroxidases signature 2. / Glutathione peroxidase profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...Glutathione peroxidase active site / Glutathione peroxidases active site. / Glutathione peroxidase / Glutathione peroxidase conserved site / Glutathione peroxidase / Glutathione peroxidases signature 2. / Glutathione peroxidase profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione peroxidase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Pilka, E.S. / Guo, K. / Gileadi, O. / Rojkowa, A. / von Delft, F. / Pike, A.C.W. / Kavanagh, K.L. / Johannson, C. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. ...Pilka, E.S. / Guo, K. / Gileadi, O. / Rojkowa, A. / von Delft, F. / Pike, A.C.W. / Kavanagh, K.L. / Johannson, C. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of human glutathione peroxidase 3 (selenocysteine to glycine mutant).
著者: Pilka, E.S. / Guo, K. / Gileadi, O. / Rojkowa, A. / von Delft, F. / Pike, A.C.W. / Kavanagh, K.L. / Johannson, C. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Oppermann, U.
履歴
登録2007年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione peroxidase 3
B: Glutathione peroxidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2196
ポリマ－47,1022
非ポリマー1174
水7,314406
1
A: Glutathione peroxidase 3
ヘテロ分子

A: Glutathione peroxidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2196
ポリマ－47,1022
非ポリマー1174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area1890 Å2
手法PISA
2
B: Glutathione peroxidase 3
ヘテロ分子

B: Glutathione peroxidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2196
ポリマ－47,1022
非ポリマー1174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area1870 Å2
手法PISA
3
A: Glutathione peroxidase 3
ヘテロ分子

A: Glutathione peroxidase 3
ヘテロ分子

B: Glutathione peroxidase 3
ヘテロ分子

B: Glutathione peroxidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,43712
ポリマ－94,2034
非ポリマー2348
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+1/2,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area6010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.720, 61.308, 100.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Possibly tetramer

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要素

#1: タンパク質 Glutathione peroxidase 3 / GSHPx-3 / GPx-3 / Plasma glutathione peroxidase / GSHPx-P / Extracellular glutathione peroxidase / GPx-P


分子量: 23550.846 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 25-223 / 変異: C73G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPX3, GPXP / プラスミド: pNIC-CTHF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P22352, glutathione peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M PCB pH 8.0, 60% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00721 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00721 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→38.84 Å / Num. all: 226425 / Num. obs: 226199 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7975 / Rsym value: 0.763 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0040精密化
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2I3Y

2i3y


解像度: 1.85→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.906 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Bijvoet differences were used for phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18263 2807 5.1 %RANDOM
Rwork0.1511 ---
obs0.15269 52544 99.91 %-
all-55398 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.621 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3013 0 4 406 3423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223140
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.9624258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.235278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2395377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12323.836146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51615518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3041515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.22187
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.21533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21529
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0940.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0930.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5231882
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8463772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.83453044
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.27281307
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.75111214
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 215 -
Rwork0.22 3803 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.23410.13780.15651.3257-0.23030.9296-0.01460.1120.0565-0.0711-0.0079-0.03750.05430.06320.0225-0.0681-0.00370.0032-0.09330.0016-0.048810.9368-13.8473-14.5525
21.26590.04830.08681.17860.46150.9814-0.12010.25240.0859-0.1250.05610.0607-0.13360.05290.0639-0.0334-0.059-0.02790.01490.0492-0.072334.996310.5121-23.43
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA38 - 22815 - 205
2X-RAY DIFFRACTION2BB36 - 22213 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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