PDB-2r2p: Kinase domain of human ephrin type-A receptor 5 (EphA5)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r2p

タイトル

Kinase domain of human ephrin type-A receptor 5 (EphA5)

要素

Ephrin type-A receptor 5

キーワード

TRANSFERASE / ATP-BINDING / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / RECEPTOR / PHOSPHORYLATION / TRANSMEMBRANE / TYROSINE-PROTEIN KINASE / Alternative splicing / Glycoprotein / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of CREB transcription factor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / ephrin receptor activity / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / EPH-Ephrin signaling / regulation of GTPase activity / EPHA-mediated growth cone collapse / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

Ephrin type-A receptor 5, ligand binding domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Cuerrier, D. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Kinase Domain of Human Ephrin Type-A Receptor 5 (EphA5).
著者: Walker, J.R. / Cuerrier, D. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2007年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r2p.cif.gz	129.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r2p.ent.gz	101.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/2r2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/2r2p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2gsfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1fvr-1 6gqq-d 2wqb-d 6gqp-d 5wdy-1 3ceg-2 5w5q-2 5we8-2 1mdo-d 4bbm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (3)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ephrin type-A receptor 5

ヘテロ分子

34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.085, 80.085, 169.237
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Ephrin type-A receptor 5 / Tyrosine-protein kinase receptor EHK-1 / EPH homology kinase 1 / Receptor protein-tyrosine kinase HEK7 分子量: 33560.508 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain: Residues 653-939 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA5, EHK1, HEK7 / プラスミド: pNIC-CH / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54756, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7.5 詳細: 2M Ammonium sulfate, 2% PEG 400, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97918
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月11日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL AND K-B PAIR OF BIOMORPH MIRRORS プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→44 Å / Num. obs: 13160 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / R_sym value: 0.126 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.87 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GSF

2gsf

解像度: 2.4→43.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 17.918 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.416 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28338	646	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19905	-	-	-
obs	0.20291	12435	98.87 %	-
all	-	12435	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0.03 Å²	0 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2225	0	21	67	2313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2292
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.323	1.959	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.991	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.612	23.627	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.431	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.511	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.174	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.459	1.5	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.757	2	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.377	3	966
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.131	4.5	835
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	55	-
R_work	0.248	883	-
obs	-	-	99.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.134	-4.9383	-3.3656	10.4149	1.3386	7.8476	0.4001	1.3299	0.1906	-0.5848	-0.5219	0.6881	-0.5108	-0.8263	0.1218	0.2213	0.0027	-0.1066	0.2272	-0.0038	0.1963	-8.9149	51.9933	-2.9952
2	6.8017	4.307	0.1103	12.6798	8.164	21.3022	-0.2618	0.074	0.1953	-0.461	-0.2049	-0.4984	-0.8154	0.3934	0.4666	0.172	-0.021	0.0258	0.0377	0.0273	0.1641	-0.1164	52.1439	0.9272
3	38.5694	-2.5805	22.2048	7.5413	2.0958	25.3101	-0.6436	2.1721	0.5256	-1.1563	0.5043	0.279	-1.0745	0.5044	0.1393	0.2733	-0.0547	0.0282	0.2392	0.0861	0.0395	-7.1889	50.0991	-4.8551
4	5.1029	2.8677	-2.5264	13.2363	-12.4456	30.4264	-0.944	1.3378	0.1114	-1.2925	1.4845	1.9209	0.2475	-1.7728	-0.5405	0.2813	-0.1951	-0.1451	0.5893	0.1419	0.6008	-20.3996	49.4055	-4.0447
5	2.6753	-1.4648	-0.7366	5.7058	-0.8582	2.4142	0.1782	0.2645	0.2607	-0.2258	-0.1734	-0.0327	-0.3065	-0.2217	-0.0048	0.0573	-0.0618	-0.0086	0.1574	-0.0134	0.0686	-8.5363	43.4149	1.6235
6	6.3288	-3.3367	1.3124	6.2565	1.1904	2.2222	0.276	-0.1819	-0.2606	-0.0346	-0.0271	-0.1085	-0.2307	0.395	-0.2489	-0.0026	-0.0415	0.0086	0.036	-0.019	0.0198	-5.997	27.0481	8.2241
7	2.4842	1.4709	-2.0573	5.1564	5.615	12.5993	-0.0282	-0.8559	1.1696	0.2163	0.4896	0.1728	-0.3638	0.314	-0.4614	0.0202	0.0347	0.0091	0.0148	-0.0202	0.1073	-20.5417	34.9219	6.0715
8	14.251	-3.2594	6.8799	6.0965	-1.51	16.9298	0.2944	0.1232	0.5651	0.0961	-0.2269	-0.0258	0.3634	0.613	-0.0674	-0.0163	-0.0812	0.0623	0.0505	-0.0444	0.0451	-4.8671	33.3716	3.0194
9	49.339	-2.1758	2.1676	4.3132	-1.4623	0.5382	0.6483	0.8777	2.4487	-0.7284	0.1943	0.7059	-0.0119	-0.0845	-0.8427	0.0774	-0.0036	-0.051	0.2009	0.0178	0.2463	-18.662	38.3847	2.8034
10	9.7379	-8.8485	6.3683	19.3559	-2.7086	5.0019	0.2681	0.3252	-0.0583	-0.2554	-0.2191	0.7755	-1.8912	-2.8274	-0.049	0.2809	-0.1026	-0.0209	0.5661	0.0345	0.5251	-31.3398	34.7258	3.7951
11	41.7672	-3.7048	-19.6153	0.3336	1.7836	9.5932	-0.6043	0.7502	0.2194	-0.4326	0.434	0.0969	0.2227	-0.5289	0.1703	0.0744	-0.027	-0.0205	0.0031	0.0721	0.0921	-27.2954	24.6056	-0.9046
12	6.3823	0.6681	-0.4864	2.8109	-0.2528	2.4926	0.0347	0.0191	-0.1157	0.1433	0.0675	0.0591	-0.0962	0.0064	-0.1022	0.013	-0.0253	-0.0114	-0.0009	-0.016	-0.0389	-18.2265	24.3031	4.7096
13	0.9232	0.3496	0.7981	3.4701	2.8033	6.7671	0.0202	0.599	-0.2662	-0.4198	-0.1172	0.157	0.1472	-0.7236	0.0971	0.0371	0.0191	-0.0373	0.0938	-0.0578	0.0885	-19.98	16.1601	-5.1138
14	5.6273	1.0154	5.2113	10.966	-0.8517	5.124	0.0191	0.0791	-0.5453	0.0976	0.1555	-0.6249	0.0291	0.6518	-0.1746	0.0394	-0.0001	-0.0343	0.0695	-0.0438	0.1107	-11.1728	13.539	6.9804
15	27.9975	-6.3268	-5.5153	10.8032	4.4957	3.6949	-0.0502	-0.4947	-0.9033	-0.0329	-0.0673	1.0521	0.1713	-0.4369	0.1175	0.0043	0.002	-0.0392	0.0584	0.0444	0.07	-25.3681	19.0049	9.6745
16	19.0599	-1.3537	6.8086	0.2934	-0.1831	2.8898	0.2585	-0.5529	-0.6912	0.1763	0.1081	-0.1247	0.1642	0.0943	-0.3666	0.1391	-0.0507	-0.0659	0.1219	0.0247	0.0975	-6.9468	20.7252	17.1504

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	662 - 687	11 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	688 - 700	37 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	701 - 712	50 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	713 - 729	62 - 78
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	730 - 766	79 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	767 - 792	116 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	793 - 803	142 - 152
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	804 - 814	153 - 163
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	815 - 824	164 - 173
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	825 - 841	174 - 190
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	842 - 853	191 - 202
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	854 - 873	203 - 222
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	874 - 896	223 - 245
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	897 - 912	246 - 261
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	913 - 920	262 - 269
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	921 - 946	270 - 295

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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